據《巴縣志》記載(zai)：“清康(kang)熙四十(shi)(shi)六年(nian)（1707）改八坊為二十(shi)(shi)九坊，三教堂(tang)屬楊柳坊管轄”。現該(gai)寺(si)大三門橫(heng)額(e)上落款有“嘉(jia)慶(qing)已二十(shi)(shi)四年(nian)仲夏(xia)慧齡(ling)立”字樣。
能仁(ren)寺有(you)四重(zhong)殿(dian)寧，依(yi)次是書馱殿(dian)、觀(guan)音殿(dian)、祖堂、禪堂。1926年(nian)，能亮住(zhu)持(chi)時改子孫廟為十方(fang)叢林(lin)。解放前，該寺常住(zhu)尼眾10余人，信教徒眾多，常年(nian)香火不斷。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物歸原(yuan)主。據說這香爐盛(sheng)飯(fan)菜，十(shi)天半月(yue)也不餿，引起了(le)很多人的興趣。
中國佛教(jiao)協會(hui)主席趙樸(pu)初為(wei)(wei)該寺(si)題寫有“大(da)雄寶殿”額，不少(shao)知名(ming)人士(shi)也題寫對聯，為(wei)(wei)能仁(ren)寺(si)增光添彩。
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