據《巴縣志》記載(zai)：“清康熙四十六年（1707）改八(ba)坊(fang)(fang)為(wei)二(er)十九坊(fang)(fang)，三教堂屬楊柳坊(fang)(fang)管(guan)轄”。現該寺大(da)三門橫額上(shang)落(luo)款有“嘉(jia)慶已二(er)十四年仲夏慧齡立”字(zi)樣(yang)。
能仁寺有(you)四(si)重殿(dian)寧，依次是書馱殿(dian)、觀音殿(dian)、祖堂、禪(chan)堂。1926年，能亮(liang)住持時改(gai)子孫廟為(wei)十(shi)方叢林。解放(fang)前(qian)，該(gai)寺常(chang)住尼眾10余人(ren)，信教徒眾多，常(chang)年香火不斷(duan)。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物(wu)歸原主。據說這香爐(lu)盛飯菜(cai)，十天半月也不餿，引(yin)起了很多人的(de)興趣。
中(zhong)國佛教協(xie)會主(zhu)席趙樸初為該寺題(ti)寫(xie)有“大雄寶殿”額，不少(shao)知名(ming)人士也(ye)題(ti)寫(xie)對聯，為能仁寺增光添(tian)彩。
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