南通境內成陸最早的西(xi)北部為揚泰崗地外(wai)緣，5000多年前就(jiu)有人類生息繁衍、南北朝時期，今(jin)南通(tong)市區一帶逐漸漲沙成洲(zhou)，稱胡逗洲(zhou)。唐代，胡逗洲(zhou)得(de)到開發。宋天圣元年（1023年）通州(zhou)改名為崇州(zhou)，又(you)稱崇川(chuan)，隸(li)屬(shu)于淮南東路。1949年10月，南通專區隸屬蘇北行政公署，下轄如東(dong)(dong)、南通、海門、啟東(dong)(dong)、崇明(ming)5縣(xian)和(he)南通市(shi)。1953年1月起，江蘇復(fu)省，南通(tong)市為省轄市，同時建有南通(tong)區（1953年4月起改稱“南通專區”。1978年7月改“南(nan)通專(zhuan)區(qu)(qu)”為“南(nan)通地(di)區(qu)(qu)”）。其中“南(nan)通市(shi)”管轄城區(qu)(qu)、郊區(qu)(qu)。南(nan)通專(zhuan)區(qu)(qu)或南(nan)通地(di)區(qu)(qu)管轄海(hai)安、如皋、如東、南(nan)通、海(hai)門、啟東、崇(chong)明7縣（其中崇明(ming)縣于1958年11月劃歸上(shang)海(hai)市）。1983年3月，國務院決定(ding)，改南通地區為南通市，原地區行署(shu)所轄6縣由南通(tong)市領導，實行市管(guan)縣體制(zhi)。

截至2021年12月31日，南通市轄3個區(qu)(qu)（崇川區(qu)(qu)、通州區(qu)(qu)、海門區(qu)(qu)）、3個縣(xian)級(ji)市(shi)(shi)（啟東市(shi)(shi)、如皋市(shi)(shi)、海安市(shi)(shi)）、1個縣（如(ru)東縣）。