重慶縉云山國家級自然保護區位于重慶市北碚區嘉陵江小三峽之溫塘峽西岸，距重慶市中心35公里，海拔200米—952.5米。保護區內植物資源豐富，部分植物起源古老，珍稀瀕危植物繁多，據調查，縉云山保護區現有植物246科、992屬、1966種，其中國家級保護珍稀植物珙桐、銀杉、紅豆杉、桫欏等51種，有縉云四照花、縉云槭、北碚榕等模式植物38種；有動物1071種，其中國家級保護珍稀動物草鸮、紅腹錦雞、雕鸮等13種。

雪寶山國家森林公園位于重慶市開州區北部，總面積18408公頃。景區有豐富的野生動植物資源，其中國家重點保護植物的有50種，國家重點保護的動物有32種。是一個生態多樣、特色突出的復合型國家級森林公園。重慶雪寶山自然保護區不僅以其特有的地理位置、南方少有的大面積無人區、獨有的植被類型，罕見的植物活化石崖柏、眾多的野生動植物資源和保持完好的原始植被而揚名天下；更有其幽深莫測、絢麗多彩的自然景觀，其自然綜合體有很高的科學意義和保護價值，是我國重要的生物資源戰略基地。

金佛山風景名勝區位于重慶市南川區金佛山西坡，是重慶市四大名山之一，也是重慶市國家級重點風景名勝區。金佛山融山、水、石、林、泉、洞為一體，集雄、奇、幽、險、秀于一身，風景秀麗、氣候宜人，并以其獨特的自然風貌，品種繁多的珍稀動植物，雄險怪奇的巖體造型，神秘而幽深的洞宮地府，變幻莫測的氣象景觀和珍貴的文物古跡而享譽國內外。

長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區是在原“長江合江—雷波段珍稀魚類國家級自然保護區”的基礎上經過調整，2005年由國務院批準成立的。保護區跨越四川、云南、貴州、重慶三省一市，范圍在東經104°9′至106°30′，北緯27°29′至29°4′之間。長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區是為維護長江上游魚類種群多樣性和長江上游自然生態環境。

陰條嶺自然保護區是國家級自然保護區，是神農架原始森林的余脈，幅員面積12萬畝，其中原始森林8.7萬畝，平均海拔1900m，為重慶市內一片原始森林，主峰陰條嶺海拔2796.8m，是重慶市最高點。

五里坡自然保護區位于重慶市巫山縣，是2013年6月4日國務院公布新建21處國家級自然保護區之一。五里坡自然保護區管轄渝鄂交界的巫山縣官陽鎮、當陽鄉、廟堂鄉、竹賢鄉四個鄉鎮和五里坡。五里坡自然保護區總面積35276.6hm2，其中，核心區面積17322.1hm2，占保護區面積的49.11%；緩沖區面積6555.8hm2，占保護區面積的18.58%；實驗區面積11397.7hm2，占保護區面積的32.31%，屬于典型的森林生態系統類型自然保護區。

重慶大巴山國家級自然保護區位于重慶市的最北端，大巴山南麓，城口縣境內。保護區總面積136017公頃，屬于森林生態系統類型自然保護區。主要保護對象是亞熱帶森林生態系統及其生物多樣性，不同自然地帶的典型自然景觀，典型森林野生動植物資源。保護區內有維管束植物210科3481種、陸生野生動物139科656種，其中珙桐、紅豆杉、獨葉草等國家一級保護植物和40種國家重點保護野生動物，均生長在保護區內。