402年(nian)司馬(ma)元(yuan)顯(xian)為了避免桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)(xuan)乘亂偷襲,搶先(xian)西(xi)征,任劉(liu)(liu)(liu)牢之(zhi)為先(xian)鋒,司馬(ma)尚(shang)(shang)之(zhi)為后(hou)(hou)(hou)部(bu)。桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)(xuan)也率軍東下(xia),最(zui)后(hou)(hou)(hou)大破司馬(ma)尚(shang)(shang)之(zhi)。劉(liu)(liu)(liu)牢之(zhi)認為司馬(ma)元(yuan)顯(xian)無(wu)用,倒戈引桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)軍入建康。桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)(xuan)控制朝廷(ting),誅殺異己(ji),先(xian)后(hou)(hou)(hou)殺司馬(ma)元(yuan)顯(xian)與道子(zi),并(bing)奪取劉(liu)(liu)(liu)牢之(zhi)兵權(quan),誅戮部(bu)分北(bei)府(fu)將領,提拔北(bei)府(fu)將領劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)。他最(zui)初(chu)有意革新朝廷(ting),但最(zui)后(hou)(hou)(hou)豪奢縱欲,政令(ling)無(wu)常,漸失人心。403年(nian)桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)(xuan)篡位稱帝(di)(di),建國桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)楚。隔年(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)同北(bei)府(fu)舊將何無(wu)忌、劉(liu)(liu)(liu)毅舉(ju)兵,收復建康,桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)(xuan)挾(xie)(xie)晉安(an)帝(di)(di)西(xi)撤江陵。不久桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)(xuan)又率軍東下(xia),被劉(liu)(liu)(liu)毅擊(ji)敗,在逃往(wang)蜀(shu)地途中被馮遷(qian)所殺。而后(hou)(hou)(hou)桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)振、桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)謙又挾(xie)(xie)晉安(an)帝(di)(di)反抗,劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)直到(dao)405年(nian)肅(su)清(qing)桓(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)(huan)氏勢(shi)力,得(de)以迎晉安(an)帝(di)(di)復位,掌控了朝廷(ting)。
劉(liu)裕(yu)掌控(kong)朝廷后(hou),荊州刺史(shi)劉(liu)毅(yi)忌妒,意圖舉兵。412年(nian)(nian)劉(liu)裕(yu)搶先討(tao)伐(fa)(fa)劉(liu)毅(yi),劉(liu)毅(yi)兵敗(bai)自殺。405年(nian)(nian),益州刺史(shi)毛(mao)璩(qu)率軍討(tao)伐(fa)(fa)江陵桓(huan)振,蜀軍不愿遠征(zheng),推(tui)譙縱(zong)為首叛晉,譙蜀建立。蜀軍隨(sui)后(hou)攻(gong)陷成都(dou),殺死(si)毛(mao)璩(qu),譙縱(zong)自號(hao)成都(dou)王。408年(nian)(nian)晉廷派劉(liu)敬宣率軍討(tao)伐(fa)(fa)但失敗(bai)。413年(nian)(nian)劉(liu)裕(yu)派西陵太守朱齡石率軍西伐(fa)(fa),攻(gong)占成都(dou)。譙縱(zong)敗(bai)退自殺,譙蜀亡(wang)。
盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)為(wei)孫恩繼承人,桓玄(xuan)為(wei)安撫他(ta)任為(wei)永嘉太守(shou),但他(ta)仍不斷襲擾沿海。404年盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)由(you)海路攻(gong)(gong)(gong)占廣(guang)(guang)州(zhou),隔(ge)年晉廷(ting)又任命他(ta)為(wei)廣(guang)(guang)州(zhou)刺(ci)史(shi)。410年盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)趁劉(liu)裕(yu)北伐(fa)南(nan)燕之機,與其(qi)姐夫徐(xu)道(dao)覆(fu)分二路北伐(fa),于(yu)(yu)桑洛州(zhou)合力擊潰(kui)劉(liu)毅(今江(jiang)(jiang)西九江(jiang)(jiang)市(shi)),乘勢攻(gong)(gong)(gong)入京(jing)師建康,史(shi)稱盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)之亂。此(ci)時劉(liu)裕(yu)回撤,盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)和徐(xu)道(dao)覆(fu)發生(sheng)內訌,盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)久攻(gong)(gong)(gong)京(jing)師不破(po),撤守(shou)尋(xun)陽。10月徐(xu)道(dao)覆(fu)進攻(gong)(gong)(gong)江(jiang)(jiang)陵(ling),為(wei)守(shou)將劉(liu)道(dao)規所敗(bai)。12月盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)被晉軍打敗(bai),退守(shou)廣(guang)(guang)州(zhou)。411年劉(liu)裕(yu)派(pai)兵擊殺(sha)徐(xu)道(dao)覆(fu)。盧(lu)(lu)(lu)循(xun)(xun)最后(hou)于(yu)(yu)交(jiao)州(zhou)被交(jiao)州(zhou)刺(ci)史(shi)杜慧度殲滅,投水自殺(sha),至此(ci)亂事平(ping)定。
劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)消滅若干異己后(hou)(hou),先后(hou)(hou)發動兩(liang)次(ci)北(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa)。當時(shi)南(nan)燕(yan)慕容(rong)超屢屢入侵,409年(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)率軍(jun)伐(fa)南(nan)燕(yan),次(ci)年(nian)攻(gong)破南(nan)燕(yan)都(dou)城廣固(今山東(dong)(dong)青州(zhou)市),擒殺(sha)慕容(rong)超,南(nan)燕(yan)亡。而后(hou)(hou)因盧循叛亂,劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)回(hui)師(shi)。后(hou)(hou)秦屢遭胡夏帝(di)赫(he)連勃勃入侵,國勢大衰,幼(you)主姚泓初立(li)(li)。416年(nian)12月劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)再度北(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa),連克許昌、洛陽。隔年(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)兵(bing)分(fen)兩(liang)路(lu)圍(wei)攻(gong)關(guan)(guan)(guan)中,最(zui)后(hou)(hou)攻(gong)破長安(an),后(hou)(hou)秦亡。但該(gai)年(nian)冬天,留(liu)守京師(shi)的劉(liu)(liu)(liu)穆之(zhi)(zhi)突然去世,為(wei)免后(hou)(hou)方生(sheng)變影響自己的篡(cuan)晉(jin)計劃,劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)不得不返回(hui)京師(shi)。他命其幼(you)子劉(liu)(liu)(liu)義真同王(wang)鎮惡(e)、沈田子諸(zhu)將防守長安(an),后(hou)(hou)來諸(zhu)將內(nei)訌,胡夏帝(di)赫(he)連勃勃率軍(jun)攻(gong)擊(ji)。417年(nian)冬劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)命劉(liu)(liu)(liu)義真等率軍(jun)東(dong)(dong)歸,遭夏軍(jun)追(zhui)擊(ji),元氣(qi)大傷(shang),至(zhi)(zhi)此北(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa)結束。長安(an)雖得而復失(shi)(shi)(shi),良將勁兵(bing)損失(shi)(shi)(shi)頗(po)多,但收(shou)復之(zhi)(zhi)地并未損失(shi)(shi)(shi)多少,潼關(guan)(guan)(guan)以(yi)(yi)(yi)東(dong)(dong)收(shou)復的部分(fen)關(guan)(guan)(guan)中之(zhi)(zhi)地和整個河(he)南(nan)地區(qu)仍然得到劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)的重兵(bing)扼守。經過(guo)兩(liang)次(ci)北(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa),黃河(he)以(yi)(yi)(yi)南(nan)、淮水(shui)以(yi)(yi)(yi)北(bei)(bei)(bei)(bei)以(yi)(yi)(yi)及漢水(shui)上游的大片地區(qu),為(wei)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)據有。同年(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)殺(sha)晉(jin)安(an)帝(di),立(li)(li)其弟德文(wen),為(wei)晉(jin)恭帝(di)。420年(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)(yu)(yu)廢晉(jin)恭帝(di)自立(li)(li),是為(wei)宋(song)武帝(di),建國宋(song),史(shi)稱(cheng)南(nan)朝(chao)宋(song),東(dong)(dong)晉(jin)至(zhi)(zhi)此滅亡,進入“南(nan)北(bei)(bei)(bei)(bei)朝(chao)時(shi)期”。此時(shi)北(bei)(bei)(bei)(bei)方仍處于五胡十六國時(shi)期,直至(zhi)(zhi)440年(nian)北(bei)(bei)(bei)(bei)魏統一后(hou)(hou)方形成南(nan)北(bei)(bei)(bei)(bei)朝(chao)對峙格局。