402年司(si)馬元顯(xian)為了避免桓玄(xuan)(xuan)乘亂偷襲,搶(qiang)先西征,任劉牢之(zhi)為先鋒,司(si)馬尚之(zhi)為后部(bu)。桓玄(xuan)(xuan)也率(lv)軍(jun)東(dong)下,最(zui)后大破(po)司(si)馬尚之(zhi)。劉牢之(zhi)認為司(si)馬元顯(xian)無用,倒戈引(yin)桓軍(jun)入建康。桓玄(xuan)(xuan)控制(zhi)朝廷(ting),誅殺(sha)(sha)異己,先后殺(sha)(sha)司(si)馬元顯(xian)與道(dao)子,并奪取劉牢之(zhi)兵權,誅戮部(bu)分北(bei)(bei)府(fu)(fu)將領(ling)(ling),提拔(ba)北(bei)(bei)府(fu)(fu)將領(ling)(ling)劉裕(yu)。他最(zui)初有(you)意革新朝廷(ting),但最(zui)后豪奢縱欲,政令無常,漸失人心(xin)。403年桓玄(xuan)(xuan)篡位稱(cheng)帝,建國桓楚。隔年劉裕(yu)同(tong)北(bei)(bei)府(fu)(fu)舊將何無忌、劉毅(yi)舉兵,收(shou)復建康,桓玄(xuan)(xuan)挾晉(jin)安帝西撤(che)江陵。不久桓玄(xuan)(xuan)又率(lv)軍(jun)東(dong)下,被劉毅(yi)擊敗,在(zai)逃往蜀地(di)途中被馮遷所(suo)殺(sha)(sha)。而(er)后桓振、桓謙(qian)又挾晉(jin)安帝反抗(kang),劉裕(yu)直到405年肅(su)清桓氏(shi)勢力,得以迎晉(jin)安帝復位,掌控了朝廷(ting)。
劉裕掌控(kong)朝廷(ting)后,荊州刺史劉毅(yi)忌妒(du),意圖舉兵。412年劉裕搶先(xian)討伐(fa)劉毅(yi),劉毅(yi)兵敗自殺。405年,益州刺史毛璩率(lv)軍(jun)討伐(fa)江(jiang)陵桓(huan)振,蜀軍(jun)不愿遠征(zheng),推(tui)譙縱為(wei)首叛晉,譙蜀建立。蜀軍(jun)隨(sui)后攻陷成(cheng)(cheng)都(dou),殺死(si)毛璩,譙縱自號(hao)成(cheng)(cheng)都(dou)王。408年晉廷(ting)派劉敬(jing)宣(xuan)率(lv)軍(jun)討伐(fa)但(dan)失(shi)敗。413年劉裕派西陵太守朱齡石率(lv)軍(jun)西伐(fa),攻占成(cheng)(cheng)都(dou)。譙縱敗退自殺,譙蜀亡。
盧(lu)循(xun)(xun)為(wei)(wei)孫(sun)恩繼(ji)承(cheng)人(ren),桓玄為(wei)(wei)安撫他任(ren)為(wei)(wei)永嘉太(tai)守,但他仍不斷(duan)襲擾(rao)沿(yan)海。404年(nian)(nian)盧(lu)循(xun)(xun)由海路(lu)攻占廣州(zhou),隔年(nian)(nian)晉廷又任(ren)命他為(wei)(wei)廣州(zhou)刺(ci)史。410年(nian)(nian)盧(lu)循(xun)(xun)趁劉(liu)(liu)(liu)裕北伐南燕之機,與(yu)其姐夫徐(xu)道(dao)覆分二(er)路(lu)北伐,于桑洛州(zhou)合力擊(ji)潰(kui)劉(liu)(liu)(liu)毅(今江(jiang)西九江(jiang)市),乘勢攻入京師建康,史稱盧(lu)循(xun)(xun)之亂(luan)。此時劉(liu)(liu)(liu)裕回撤,盧(lu)循(xun)(xun)和徐(xu)道(dao)覆發生內(nei)訌,盧(lu)循(xun)(xun)久(jiu)攻京師不破,撤守尋陽。10月(yue)徐(xu)道(dao)覆進攻江(jiang)陵,為(wei)(wei)守將劉(liu)(liu)(liu)道(dao)規(gui)所(suo)敗。12月(yue)盧(lu)循(xun)(xun)被晉軍打敗,退(tui)守廣州(zhou)。411年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕派兵擊(ji)殺(sha)徐(xu)道(dao)覆。盧(lu)循(xun)(xun)最后于交州(zhou)被交州(zhou)刺(ci)史杜(du)慧度(du)殲滅,投(tou)水(shui)自殺(sha),至此亂(luan)事(shi)平定。
劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)消滅若干異己(ji)后,先后發動兩次(ci)北(bei)伐(fa)。當時(shi)南(nan)(nan)燕(yan)(yan)慕容(rong)超屢屢入(ru)侵(qin),409年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)率(lv)軍伐(fa)南(nan)(nan)燕(yan)(yan),次(ci)年(nian)(nian)攻(gong)(gong)破南(nan)(nan)燕(yan)(yan)都城廣固(gu)(今山(shan)東青州市),擒殺慕容(rong)超,南(nan)(nan)燕(yan)(yan)亡(wang)(wang)。而(er)后因盧(lu)循叛亂,劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)回(hui)師。后秦(qin)屢遭胡(hu)夏帝(di)赫(he)連勃(bo)(bo)(bo)勃(bo)(bo)(bo)入(ru)侵(qin),國勢大衰(shuai),幼主姚泓初立。416年(nian)(nian)12月劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)再(zai)度北(bei)伐(fa),連克許昌、洛陽。隔年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)兵分(fen)兩路圍攻(gong)(gong)關(guan)中,最后攻(gong)(gong)破長安,后秦(qin)亡(wang)(wang)。但該(gai)年(nian)(nian)冬天,留守京師的(de)(de)劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)穆(mu)之突(tu)然去世,為(wei)(wei)免后方(fang)(fang)生變影響自己(ji)的(de)(de)篡(cuan)晉(jin)計(ji)劃(hua),劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)不(bu)得(de)不(bu)返回(hui)京師。他命其幼子劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)義真同王鎮惡、沈田子諸將(jiang)防(fang)守長安,后來諸將(jiang)內訌(hong),胡(hu)夏帝(di)赫(he)連勃(bo)(bo)(bo)勃(bo)(bo)(bo)率(lv)軍攻(gong)(gong)擊。417年(nian)(nian)冬劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)命劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)義真等率(lv)軍東歸(gui),遭夏軍追擊,元氣大傷,至(zhi)此北(bei)伐(fa)結束。長安雖得(de)而(er)復(fu)失,良將(jiang)勁兵損失頗(po)多,但收復(fu)之地并未損失多少,潼關(guan)以東收復(fu)的(de)(de)部分(fen)關(guan)中之地和整個河(he)南(nan)(nan)地區仍(reng)然得(de)到劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)的(de)(de)重(zhong)兵扼(e)守。經過兩次(ci)北(bei)伐(fa),黃河(he)以南(nan)(nan)、淮(huai)水(shui)以北(bei)以及(ji)漢(han)水(shui)上游的(de)(de)大片地區,為(wei)(wei)劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)據有。同年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)殺晉(jin)安帝(di),立其弟德文(wen),為(wei)(wei)晉(jin)恭(gong)帝(di)。420年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)廢晉(jin)恭(gong)帝(di)自立,是為(wei)(wei)宋(song)武帝(di),建國宋(song),史稱南(nan)(nan)朝(chao)宋(song),東晉(jin)至(zhi)此滅亡(wang)(wang),進入(ru)“南(nan)(nan)北(bei)朝(chao)時(shi)期(qi)”。此時(shi)北(bei)方(fang)(fang)仍(reng)處于(yu)五胡(hu)十六國時(shi)期(qi),直至(zhi)440年(nian)(nian)北(bei)魏統一后方(fang)(fang)形成(cheng)南(nan)(nan)北(bei)朝(chao)對峙(zhi)格局。