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1978年(nian)，巧家縣政府(fu)在藥山籌建“蕎山森(sen)林管理站”。
1980年，設立“藥(yao)山森林(lin)公安派出所”。
1984年4月5日，云(yun)南省(sheng)政(zheng)府批準建立(li)(li)藥(yao)山(shan)省(sheng)級自然保護區(qu)，劃定面積10215公頃，并在(zai)藥(yao)山(shan)鎮設立(li)(li)了(le)藥(yao)山(shan)自然保護區(qu)管理所。
1990年(nian)后，由于在(zai)巧縣內的楊家灣發現了巧家五針松(song)群落（1999年(nian)被(bei)國家認定為(wei)Ⅰ級重(zhong)點(dian)保護野生植(zhi)(zhi)物(wu)(wu)），以及在(zai)金(jin)沙江邊發現國家Ⅱ級重(zhong)點(dian)野生植(zhi)(zhi)物(wu)(wu)——攀枝花蘇鐵群落，保護區范圍擴大。
2003年(nian)，進行自(zi)然保護區(qu)科學(xue)考察，正式確定了保護區(qu)邊界，面積擴(kuo)大到20141公頃(qing)。
2005年，經(jing)國(guo)務(wu)院批準(zhun)正式列藥山(shan)為國(guo)家級(ji)自然保護(hu)區(qu)(qu)（國(guo)辦發[2005]40號文），面(mian)積20141公頃(qing)，藥山(shan)自然保護(hu)區(qu)(qu)管(guan)理(li)所也(ye)升格為管(guan)理(li)局。
2005年11月，巧縣林(lin)業局和(he)保護區(qu)管(guan)理局委托云南(nan)省林(lin)業調查規(gui)劃(hua)設計(ji)院制定“云南(nan)藥山(shan)國家(jia)級自然保護區(qu)總(zong)體規(gui)劃(hua)”，通(tong)過(guo)專家(jia)評審(shen)并上報。
2006年2月，巧縣林(lin)業局(ju)和(he)保護管理(li)局(ju)委托(tuo)省(sheng)林(lin)業調查(cha)規劃設(she)計院(yuan)開展“保護區建(jian)設(she)工程可行性研究”，《可研報(bao)告》經過(guo)專(zhuan)家(jia)評審，并隨云林(lin)計財(cai)[2006]33號文件上(shang)報(bao)國家(jia)林(lin)業局(ju)。
2006年6月，國家(jia)林業(ye)局(ju)以林計(ji)批(pi)(pi)字[2006]159號文《國家(jia)林業(ye)局(ju)關于(yu)保護區基(ji)礎建(jian)設項目可行(xing)性研(yan)究報告(gao)的(de)批(pi)(pi)復(fu)(fu)》，對該項目主要建(jian)設內容及投(tou)資作了批(pi)(pi)復(fu)(fu)。
2007年3月市、巧縣編委批準成立云南藥山國家(jia)級自然保護(hu)區(qu)管(guan)理(li)(li)局，為巧家(jia)縣人民政(zheng)府管(guan)理(li)(li)的副(fu)處級參(can)公管(guan)理(li)(li)事業單位，業務上受(shou)林業部門指(zhi)導。
云(yun)南(nan)藥山國家(jia)級(ji)自然(ran)保護區位于云(yun)南(nan)省昭通市巧家(jia)縣境內，由南(nan)北(bei)互(hu)不相連的兩片(pian)組成(cheng)。
北邊的藥山片為保護區(qu)主體部分，地(di)處(chu)金(jin)沙(sha)江與其主要支流牛欄江的匯合處(chu)，地(di)理(li)坐標(biao)(biao)，東經102°57′47″～103°10′13″，北緯(wei)27°08′54″～27°25′31″；南邊的楊家(jia)灣(wan)片位于巧家(jia)縣城中南部，地(di)理(li)坐標(biao)(biao)：東經102°59′59″～103°01′33″，北緯(wei)26°50′38″～26°53′47″。
保護(hu)區所(suo)在(zai)地(di)域(yu)屬我國西部型的低緯(wei)高(gao)原季風氣候，有著日溫(wen)差(cha)大，年溫(wen)差(cha)小，干濕(shi)季分明等特(te)點，雨熱(re)同期，干暖季立(li)體氣候明顯。氣溫(wen)隨(sui)海(hai)(hai)拔高(gao)度的增加而呈明顯的降(jiang)低之勢。熱(re)月（7月）平(ping)(ping)均(jun)氣溫(wen)從27.3℃下(xia)降(jiang)到13.5℃；冷月（1月）平(ping)(ping)均(jun)氣溫(wen)從12.2℃下(xia)降(jiang)到-0.1℃，降(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)(liang)也(ye)隨(sui)海(hai)(hai)拔高(gao)度的不同而差(cha)異明顯。海(hai)(hai)拔1200米(mi)(mi)以(yi)下(xia)左(zuo)右(you)，年降(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)(liang)不足1000毫(hao)(hao)米(mi)(mi)；海(hai)(hai)拔2000米(mi)(mi)左(zuo)右(you)，年降(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)(liang)在(zai)1100毫(hao)(hao)米(mi)(mi)；海(hai)(hai)拔2500-3000米(mi)(mi)，降(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)(liang)多；可(ke)達1500毫(hao)(hao)米(mi)(mi)。6-9月為雨季，占全(quan)年降(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)(liang)的70%，在(zai)光能資源上，年日照(zhao)平(ping)(ping)均(jun)時數為1889.5小時；海(hai)(hai)拔840米(mi)(mi)，在(zai)全(quan)省處于中低值區。
藥(yao)山國家(jia)級自(zi)(zi)然保護區河(he)(he)流(liu)(liu)(liu)屬金沙江水(shui)系，各(ge)大(da)(da)小(xiao)河(he)(he)流(liu)(liu)(liu)呈放射狀自(zi)(zi)轎頂山流(liu)(liu)(liu)出(chu)，進(jin)入金沙江與(yu)牛(niu)欄(lan)江。長(chang)度大(da)(da)于10千米的(de)河(he)(he)流(liu)(liu)(liu)約(yue)11條，河(he)(he)床(chuang)坡(po)降比大(da)(da)，水(shui)流(liu)(liu)(liu)湍急，河(he)(he)水(shui)經(jing)流(liu)(liu)(liu)量(liang)的(de)季(ji)節性很(hen)強，雨季(ji)（5-10月）汛期經(jing)流(liu)(liu)(liu)量(liang)占全年的(de)75%，旱(han)季(ji)因降雨少，河(he)(he)水(shui)經(jing)流(liu)(liu)(liu)由地(di)下水(shui)補(bu)給。地(di)下水(shui)的(de)主要形式有孔隙(xi)水(shui)，裂隙(xi)水(shui)和巖(yan)溶(rong)水(shui)三種，其中風(feng)化(hua)玄武(wu)巖(yan)裂隙(xi)水(shui)是保護區主要的(de)地(di)下水(shui)類型(xing)。
藥山(shan)(shan)是烏蒙山(shan)(shan)脈的(de)(de)(de)(de)(de)西(xi)支，為金(jin)沙江與(yu)(yu)其(qi)支流(liu)牛欄(lan)江的(de)(de)(de)(de)(de)分(fen)水嶺。呈北南走向。主峰轎(jiao)頂山(shan)(shan)海拔4041.5米，為滇東(dong)北高峰，山(shan)(shan)頂與(yu)(yu)河谷(gu)間的(de)(de)(de)(de)(de)相(xiang)對(dui)高差達(da)3500米，在(zai)大(da)地(di)(di)構(gou)造(zao)(zao)上地(di)(di)處(chu)古楊(yang)子(zi)板塊(kuai)的(de)(de)(de)(de)(de)西(xi)部，為滇東(dong)臺褶帶組成(cheng)部分(fen)，其(qi)西(xi)部邊緣是中國的(de)(de)(de)(de)(de)小江斷裂(lie)帶。保護(hu)區(qu)(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)(de)地(di)(di)層層序(xu)清楚，構(gou)造(zao)(zao)形態和構(gou)造(zao)(zao)運動遺(yi)(yi)跡完好，既有(you)古陸板塊(kuai)內的(de)(de)(de)(de)(de)古裂(lie)谷(gu)活動遺(yi)(yi)跡，又有(you)新構(gou)造(zao)(zao)成(cheng)運動痕(hen)跡。第四紀冰川活動遺(yi)(yi)跡完整而典型(xing)，古生代以來的(de)(de)(de)(de)(de)地(di)(di)質(zhi)地(di)(di)貌演化，深刻(ke)地(di)(di)影響(xiang)了這一(yi)地(di)(di)區(qu)(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)(de)地(di)(di)理特征在(zai)地(di)(di)貌區(qu)(qu)(qu)劃類型(xing)上。屬滇東(dong)岔地(di)(di)山(shan)(shan)原(yuan)區(qu)(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)(de)滇東(dong)北中山(shan)(shan)山(shan)(shan)原(yuan)亞區(qu)(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)(de)構(gou)造(zao)(zao)溶蝕(shi)(shi)侵蝕(shi)(shi)地(di)(di)貌。保護(hu)區(qu)(qu)(qu)既有(you)高山(shan)(shan)峽谷(gu)，也(ye)有(you)斷崖巖坎(kan)，山(shan)(shan)勢險峻，山(shan)(shan)頂面為受(shou)古冰蝕(shi)(shi)作(zuo)用改(gai)造(zao)(zao)的(de)(de)(de)(de)(de)夷平面，地(di)(di)形平緩(huan)延綿、角峰、刃背、溧礫、槽、洼地(di)(di)常見，且分(fen)布有(you)數十處(chu)大(da)小不等的(de)(de)(de)(de)(de)冰蝕(shi)(shi)湖。
藥山(shan)特定的(de)(de)地理位置和山(shan)體(ti)高(gao)度、水熱條件和植被隨(sui)(sui)高(gao)度的(de)(de)變化，致使不(bu)同(tong)海拔(ba)高(gao)度的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)壤(rang)(rang)，其形成過程、強(qiang)度和發育方向不(bu)同(tong)，形成了性狀特征截(jie)然不(bu)同(tong)的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)壤(rang)(rang)類(lei)型，表現出非常明顯的(de)(de)垂直(zhi)分(fen)布規(gui)律(lv)。從金沙(sha)江、牛欄江河(he)谷到(dao)藥山(shan)山(shan)頂，隨(sui)(sui)著海拔(ba)的(de)(de)升高(gao)，依次分(fen)布有以下土(tu)(tu)(tu)壤(rang)(rang)帶：燥紅(hong)(hong)(hong)土(tu)(tu)(tu)、紅(hong)(hong)(hong)壤(rang)(rang)、西(xi)坡、黃(huang)棕壤(rang)(rang)、棕壤(rang)(rang)、暗棕壤(rang)(rang)、亞(ya)高(gao)山(shan)草(cao)甸土(tu)(tu)(tu)、高(gao)山(shan)寒(han)漠(mo)土(tu)(tu)(tu)。土(tu)(tu)(tu)壤(rang)(rang)垂直(zhi)帶譜(pu)屬于季風性帶譜(pu)系(xi)統(tong)，據基帶土(tu)(tu)(tu)壤(rang)(rang)紅(hong)(hong)(hong)壤(rang)(rang)與(yu)優勢土(tu)(tu)(tu)壤(rang)(rang)垂直(zhi)帶所屬土(tu)(tu)(tu)綱（鐵鋁土(tu)(tu)(tu)、淋溶土(tu)(tu)(tu)）來看，帶譜(pu)類(lei)型系(xi)亞(ya)熱帶濕潤(run)型，是(shi)滇(dian)東北、川(chuan)西(xi)南、黔西(xi)地區具代表性的(de)(de)、也(ye)是(shi)典型完整的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)壤(rang)(rang)垂直(zhi)帶譜(pu)。
云南藥山國家級自(zi)然保(bao)護(hu)區(qu)管(guan)理(li)(li)局內設(she)辦公(gong)室(shi)、宣傳教育科(ke)(ke)、保(bao)護(hu)管(guan)理(li)(li)科(ke)(ke)、科(ke)(ke)研(yan)所四個副科(ke)(ke)級科(ke)(ke)室(shi)，下(xia)設(she)東坪管(guan)理(li)(li)所、藥山管(guan)理(li)(li)所、楊家灣管(guan)理(li)(li)站、大村(cun)管(guan)理(li)(li)站、紅山管(guan)理(li)(li)站、大寨管(guan)理(li)(li)站2所4站。
