廈門市兒童醫院（復旦大學附屬兒科醫院廈門分院）是建成集醫療、教學、科研、預防保健為一體的國內一流、省內領先的三級甲等兒童專科醫院。醫院各項高難度業務服務相繼開展，如：內鏡中心開展小兒胃鏡腸鏡技術、小兒纖支鏡檢查，新生兒外科開展食道閉鎖、膈疝及肺葉切除等微創手術，其中如先天性食道閉鎖的腔鏡手術、膽道手術、早產兒救治都達到了國內一流水平。

廈門大學附屬成功醫院，也叫解放軍第一七四醫院，位于廈門市思明區文園路，是一所集醫療、教學、科研為一體的綜合性三級甲等醫院。醫院展開科室有47個，其中臨床科室36個，醫技輔助科室11個，擁有脊柱外科中心、腫瘤治療中心、癲癇診療中心、慢性腎病中西醫結合診療中心等。其中腎病中心被確定為廈門市糖尿病健康教育中心，有燒傷整形科、泌尿外科、普通外科、胸心外科和老年保健等學科。

廈門市第五醫院（廈門大學附屬第一醫院翔安院區）創辦于1947年，是一家集醫、教、研為一體的現代化公立三級綜合醫院。醫院內設臨床、醫技科室52個，建有6個市級的醫療基地、醫療中心，目前能夠開展直視下心臟搭橋、換瓣、顱內腫瘤切除、斷肢（指）再植等各種高難度手術，并廣泛開展微創診療技術。2017年中國醫學人文大會上，醫院被授予“人文愛心醫院”榮譽稱號，為福建省唯一一家獲該獎項的醫院。

廈門市中醫院（廈門華僑醫院），2008年通過三級甲等中醫醫院的評審，目前，醫院已成為一所頗具實力、中醫特色優勢突出的三級甲等中醫院，是北京中醫藥大學廈門臨床醫學院，福建中醫藥大學附屬醫院，福建中醫藥大學第三臨床醫學院，廈門大學醫學院臨床教學醫院，是福建省對外中醫藥交流的重要窗口。醫院設有臨床科室21個、醫技科室11個、中醫特色專病門診39個、專科門診67個，設立了16個中醫綜合治療室。

廈門市仙岳醫院位于仙岳路387-399號，始建于1958年，是一所精神專科醫院，現占地面積約5.1萬平方米，建筑面積約4.9萬平方米，設南北兩個院區，以打造園林式醫院為特色。醫院已發展成為閩南地區一所集醫療、教學、科研、預防保健于一體的三級甲等精神專科醫院，承擔著廈門地區及周邊省市精神衛生醫療、防治、教學和科研等任務。

廈門市婦幼保健院、林巧稚婦兒醫院，是廈門大學附屬婦女兒童醫院。醫院坐落于美麗的鷺江之畔，與“海上花園”鼓浪嶼隔海相望。醫院創建于1959年，建筑面積6.3萬平方米，是集保健、醫療、教學、科研為一體的大型三級甲等婦幼保健院，承擔著為全市婦女、兒童提供保健及醫療服務、指導培訓基層婦幼保健工作、統計全市婦幼衛生信息、健康教育、教學、科研等任務。

廈門大學附屬中山醫院始建于1928年，由愛國華僑和地方知名人士為弘揚中山先生“天下為公，造福社會”的精神捐資興建而成，時任廈門大學校長、醫學專家林文慶博士出任首任院長，2005年成為廈門大學首家附屬醫院，現已發展成為擁有4個院區（院本部、金榜分部、廈禾分部、東部分院[在建]），5家社區衛生服務中心，集醫療、教學、科研、預防保健于一體的三級甲等綜合性醫院和世界知名高水平研究型大學附屬醫院。

開創多種新技術和手術方式，如ccl-smile全飛秒近視手術、新生兒數字化廣域眼底成像系統檢查及兒童眼底熒光血管造影檢查，應用Resight系統及27G超微創玻切技術治療飛蚊癥、黃斑裂孔、黃斑前膜、黃斑劈裂、玻璃體出血 ，四通道多方位非接觸鏡下雙手剝膜治療各種復雜性玻璃體視網膜病變， 2014年起，中心邁出集團化發展步伐，截止2016年底已在北京、上海、廣東、山東、江蘇、湖北、重慶等多個省市開設50余家醫院，另有多家醫院籌備中。

廈門大學附屬第一醫院始建于1937年，是一所集醫療、教學、科研、預防及康復為一體的三級甲等綜合性醫院，也是國際JCI學術醫學中心認證的大型綜合性醫院。醫院擁有6家分院、1家互聯網醫院、2家內設專科醫院、2家護理院、6家社區衛生服務中心。

福建省南平市人民醫院創建于1958年，經過多年的建設與發展，現已成為一所集醫療、教學、科研、急救、預防、康復和保健于一體的三級甲等中醫醫院，是福建省高等醫學院校臨床教學基地、城鎮職工醫療保險、城鎮居民醫療保險、新型農村合作醫療保險“定點醫院”。醫院擁有GE 1.5T磁共振成像系統（MR）、GE 64排全身X射線計算機斷層掃描系統（CT）、GE LOGIQ E9彩超、GE VOLUSON E8彩超、GE VVE9彩超、島津動態平板胃腸數字化X線機等一大批優秀醫療設備。