大小和卓的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米·阿札木。瑪赫杜米·阿札木據稱是先知穆(mu)罕(han)默德女兒的(de)(de)后(hou)(hou)裔(yi)，其子(zi)孫號(hao)稱“和(he)卓(zhuo)”，主要分(fen)為黑(hei)山(shan)(shan)(shan)(shan)派(pai)(pai)和(he)白(bai)山(shan)(shan)(shan)(shan)派(pai)(pai)兩個敵對的(de)(de)支系。明(ming)代中期，黑(hei)山(shan)(shan)(shan)(shan)派(pai)(pai)和(he)卓(zhuo)得到(dao)葉(xie)(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗(han)國王(wang)室的(de)(de)支持(chi)，成為西域天山(shan)(shan)(shan)(shan)南路的(de)(de)穆(mu)斯(si)林宗教領袖(xiu)。明(ming)末(mo)清初，白(bai)山(shan)(shan)(shan)(shan)派(pai)(pai)領袖(xiu)瑪(ma)木特·玉(yu)素(su)布從(cong)中亞來到(dao)喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)（今喀(ka)什(shen)市）傳教，后(hou)(hou)來被葉(xie)(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗(han)和(he)黑(hei)山(shan)(shan)(shan)(shan)派(pai)(pai)驅(qu)逐。瑪(ma)木特·玉(yu)素(su)布之(zhi)子(zi)伊(yi)達(da)雅圖(tu)勒(le)拉(la)逃往甘肅河州（今臨夏市），輾(zhan)轉來到(dao)西藏，尋求(qiu)達(da)賴喇嘛和(he)蒙古準(zhun)噶爾(er)(er)(er)部的(de)(de)支持(chi)。清康熙十九(jiu)年(nian)（1680年(nian)），在(zai)伊(yi)達(da)雅圖(tu)勒(le)拉(la)的(de)(de)幫助下，準(zhun)噶爾(er)(er)(er)汗(han)噶爾(er)(er)(er)丹進兵葉(xie)(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)，廢黜了(le)葉(xie)(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗(han)伊(yi)思瑪(ma)業勒(le)，扶植伊(yi)思瑪(ma)業勒(le)之(zhi)侄阿卜都里什(shen)特即位(wei)。伊(yi)達(da)雅圖(tu)勒(le)拉(la)驅(qu)逐了(le)葉(xie)(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)的(de)(de)黑(hei)山(shan)(shan)(shan)(shan)派(pai)(pai)首領，號(hao)稱“阿帕克和(he)卓(zhuo)”，但又與葉(xie)(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗(han)發生沖突。
約在(zai)1692年，阿帕(pa)克(ke)和卓(zhuo)(zhuo)戰勝了葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗馬(ma)哈(ha)(ha)麻特·額(e)敏，控(kong)制了喀什(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)等(deng)(deng)地。兩年后阿帕(pa)克(ke)和卓(zhuo)(zhuo)去(qu)世，喀什(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)一帶(dai)陷入葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗、白(bai)山(shan)(shan)派、吉(ji)利吉(ji)思（布魯特）和各地伯克(ke)的混戰之中(zhong)。策(ce)(ce)妄阿拉布坦繼任準噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)汗后，將天山(shan)(shan)南路(lu)置于其直接統治之下，黑山(shan)(shan)、白(bai)山(shan)(shan)兩派的和卓(zhuo)(zhuo)后裔(yi)都被(bei)遷至伊犁(li)(li)（今伊犁(li)(li)州霍(huo)城縣）一帶(dai)囚(qiu)(qiu)禁。到了噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)丹(dan)(dan)策(ce)(ce)零在(zai)位時(shi)(shi)，又任用黑山(shan)(shan)派和卓(zhuo)(zhuo)達涅爾(er)(er)(er)管理葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)、喀什(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)等(deng)(deng)地事務。此時(shi)(shi)，阿帕(pa)克(ke)和卓(zhuo)(zhuo)之孫瑪罕木(mu)特已在(zai)囚(qiu)(qiu)禁中(zhong)死去(qu)，其二(er)子(zi)波羅尼都、霍(huo)集占(zhan)，即大小(xiao)和卓(zhuo)(zhuo)，被(bei)囚(qiu)(qiu)禁于伊犁(li)(li)東(dong)北(bei)的額(e)林(lin)哈(ha)(ha)畢爾(er)(er)(er)噶(ga)(ga)(ga)（今依連哈(ha)(ha)比爾(er)(er)(er)尕山(shan)(shan)），由當地準噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)宰(zai)桑(sang)阿巴噶(ga)(ga)(ga)斯、哈(ha)(ha)丹(dan)(dan)兄弟(di)看管。
乾隆二十年（1755年）初，清軍西征準噶爾，定(ding)北將(jiang)軍(jun)班(ban)第(di)、定(ding)邊(bian)左副將(jiang)軍(jun)阿睦爾(er)(er)(er)撒(sa)納(na)出北路，參贊大臣(chen)鄂容安、定(ding)邊(bian)右(you)副將(jiang)軍(jun)薩喇(la)勒出西路，兩(liang)軍(jun)約(yue)于博羅塔(ta)拉(la)（博爾(er)(er)(er)塔(ta)拉(la)）會師(shi)。在進軍(jun)途中，阿巴噶(ga)斯、哈(ha)丹等人(ren)率(lv)眾投(tou)降(jiang)。四月初八(ba)，波羅尼都(dou)(dou)來(lai)到(dao)西路軍(jun)薩喇(la)勒處投(tou)誠(cheng)，稱：“策妄阿喇(la)布坦時將(jiang)我(wo)父縛(fu)來(lai)為質(zhi)，至(zhi)(zhi)今(jin)并不(bu)將(jiang)我(wo)等放回(hui)(hui)(hui)。我(wo)等情愿帶(dai)領(ling)屬下三十余戶投(tou)降(jiang)大皇帝為臣(chen)仆”。不(bu)久(jiu)，霍集占亦隨哈(ha)丹來(lai)降(jiang)，并稱“若荷恩得回(hui)(hui)(hui)故土，情愿招服喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)各處人(ren)眾，同來(lai)歸順”。五月，清兵(bing)進駐伊犁。班(ban)第(di)擬送波羅尼都(dou)(dou)赴京朝覲，留(liu)霍集占在伊犁“照管(guan)(guan)游牧”，即管(guan)(guan)理被準噶(ga)爾(er)(er)(er)遷至(zhi)(zhi)伊犁的回(hui)(hui)(hui)人(ren)（清代稱維吾爾(er)(er)(er)人(ren)為“回(hui)(hui)(hui)人(ren)”）。
六(liu)月，烏什(shen)(shen)伯克霍(huo)(huo)集斯誘擒準噶(ga)爾(er)(er)汗(han)達瓦齊，將達瓦齊縛獻(xian)清軍，準噶(ga)爾(er)(er)汗(han)國滅亡。此時(shi)，喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)的(de)(de)(de)黑山(shan)派和(he)卓玉(yu)素普（達涅爾(er)(er)之子）正計劃向北進軍。阿(a)(a)克蘇的(de)(de)(de)阿(a)(a)奇(qi)木伯克阿(a)(a)卜都(dou)瓜卜（霍(huo)(huo)集斯之兄）向班第提(ti)議(yi)：由清軍派使者(zhe)護(hu)送大小和(he)卓之一前去喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)，“然(ran)后(hou)宣(xuan)告他已被(bei)中國皇帝指定為該地區(qu)的(de)(de)(de)統治(zhi)者(zhe)”。班第派遣侍衛(wei)托倫泰與霍(huo)(huo)集斯護(hu)送波羅尼(ni)都(dou)南下招(zhao)服喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)、葉爾(er)(er)羌(qiang)，霍(huo)(huo)集占則仍留伊(yi)犁。托倫泰與波羅尼(ni)都(dou)在(zai)霍(huo)(huo)集斯家族的(de)(de)(de)支持下，在(zai)烏什(shen)(shen)集結(jie)軍隊，擊敗了北上(shang)的(de)(de)(de)黑山(shan)派，并乘勝(sheng)南進。喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)的(de)(de)(de)阿(a)(a)奇(qi)木伯克和(he)什(shen)(shen)克開城投降(jiang)。葉爾(er)(er)羌(qiang)的(de)(de)(de)黑山(shan)派首領(ling)和(he)卓加(jia)罕（即(ji)雅庫(ku)布，玉(yu)素普長兄）力戰不敵，最后(hou)兵敗被(bei)殺。
清軍(jun)占領伊(yi)犁(li)(li)(li)后，朝(chao)廷以平定準(zhun)噶爾(er)(er)(er)大(da)功告成(cheng)，將西征大(da)軍(jun)撤(che)回內(nei)地，僅留少量兵(bing)力駐守(shou)伊(yi)犁(li)(li)(li)、烏魯木(mu)齊等處(chu)。乾隆(long)(long)皇帝認為阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納雖(sui)有覬(ji)覦準(zhun)噶爾(er)(er)(er)汗位之志，但“料(liao)伊(yi)亦不(bu)敢遽爾(er)(er)(er)妄行”，并指示(shi)諸大(da)臣(chen)：阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納“不(bu)過希圖(tu)肥己，不(bu)必過于苛求”。乾隆(long)(long)二十年（1755年）八(ba)月，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納在赴熱河途中叛逃(tao)，潛往(wang)塔爾(er)(er)(er)巴哈臺。伊(yi)犁(li)(li)(li)的宰(zai)桑、喇嘛起兵(bing)響(xiang)應，攻占了伊(yi)犁(li)(li)(li)城。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占在戰亂(luan)中率所屬維吾爾(er)(er)(er)人(ren)逃(tao)離伊(yi)犁(li)(li)(li)。同被(bei)準(zhun)噶爾(er)(er)(er)囚禁在伊(yi)犁(li)(li)(li)的白山(shan)派額爾(er)(er)(er)克和卓(zhuo)額色尹(yin)（霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占族叔）、鄂托蘭珠和卓(zhuo)瑪(ma)木(mu)特等人(ren)不(bu)愿(yuan)依附霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占，逃(tao)往(wang)布魯特部落及(ji)浩(hao)罕等地。是年末，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納遣使至波(bo)羅尼(ni)都處(chu)，告知攻陷(xian)伊(yi)犁(li)(li)(li)情形(xing)。波(bo)羅尼(ni)都等將托倫(lun)泰(tai)、特古斯（薩喇勒之兄(xiong)）等人(ren)及(ji)蒙古官兵(bing)扣留。乾隆(long)(long)二十一年（1756年）二月，定西將軍(jun)策楞率西路清軍(jun)收復伊(yi)犁(li)(li)(li)，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納逃(tao)往(wang)哈薩克，形(xing)勢再度逆轉。五月，霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占與波(bo)羅尼(ni)都會(hui)合。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占殺死阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納派來的使者(zhe)，將托倫(lun)泰(tai)送回；又(you)以投誠為名，派人(ren)到清軍(jun)大(da)營探聽消息。
霍(huo)(huo)集占(zhan)欲反清自立，與手(shou)下各頭目商(shang)議：“甫免(mian)為(wei)厄魯特(te)（準噶爾(er)(er)）役使，今若投誠(cheng)，又(you)當納貢。不(bu)(bu)若自長(chang)一方，種地守(shou)城，足為(wei)捍御(yu)。”波羅尼都不(bu)(bu)愿與清軍為(wei)敵，說(shuo)：“從前(qian)受辱于厄魯特(te)，非大國（清）兵(bing)力，安(an)能復歸故(gu)土？恩不(bu)(bu)可負，即兵(bing)力亦斷不(bu)(bu)能抗。”霍(huo)(huo)集占(zhan)派人殺死蒙古(gu)察合臺汗(han)王后(hou)裔(yi)以及葉(xie)爾(er)(er)羌舊首(shou)領(ling)伊克和(he)(he)卓，又(you)自加汗(han)號，稱“巴圖爾(er)(er)汗(han)”。波羅尼都勸阻霍(huo)(huo)集占(zhan)：“我兄弟自祖(zu)父(fu)三世，俱被準噶爾(er)(er)囚禁(jin)。荷(he)蒙天(tian)恩釋放，仍為(wei)回部頭目，受恩深重。若爾(er)(er)有負天(tian)朝(chao)，任(ren)爾(er)(er)自為(wei)，我必不(bu)(bu)能聽從”。霍(huo)(huo)集占(zhan)固執(zhi)己見，兄弟二人出現不(bu)(bu)和(he)(he)。
霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占只(zhi)信任(ren)在伊犁囚禁(jin)時追隨他的(de)屬下，對回(hui)疆各地(di)原有伯(bo)克(ke)(ke)則(ze)明加籠絡(luo)，暗奪其(qi)權，致使“各城(cheng)頭目，俱不心服”。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占因忌(ji)憚(dan)烏什、阿(a)克(ke)(ke)蘇的(de)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)家族勢力(li)，以烏什伯(bo)克(ke)(ke)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)為和闐伯(bo)克(ke)(ke)，阿(a)克(ke)(ke)蘇伯(bo)克(ke)(ke)阿(a)卜都瓜卜為葉爾(er)羌伯(bo)克(ke)(ke)，使霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)兄(xiong)弟子(zi)侄(zhi)分居各城(cheng)。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)畏(wei)其(qi)聲勢不敢違抗。“喀什噶爾(er)、葉爾(er)羌的(de)伯(bo)克(ke)(ke)階(jie)級也幾乎沒有支持和卓(zhuo)木(mu)兄(xiong)弟的(de)”。喀什噶爾(er)伯(bo)克(ke)(ke)和什克(ke)(ke)不愿(yuan)依(yi)附霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占，不得不逃亡至布魯特(te)。阿(a)睦爾(er)撒納叛亂前后，庫車伯(bo)克(ke)(ke)鄂對、拜城(cheng)伯(bo)克(ke)(ke)噶岱(dai)默特(te)等人已避亂投奔清(qing)軍，于是霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占又接收了庫車、拜城(cheng)，控制了喀喇沙爾(er)（今焉(yan)耆）以南、塔里木(mu)盆地(di)西(xi)部(bu)的(de)大部(bu)分地(di)方。
乾隆二十一年（1756年）閏九月，駐扎伊犁的(de)戶部左(zuo)侍郎兆(zhao)惠(hui)接到托倫(lun)泰返回(hui)的(de)報文，認為“回(hui)城(cheng)(cheng)地方(fang)并(bing)無(wu)事故”，于是遣(qian)副都統阿(a)敏道(dao)(dao)、宰桑(sang)錫克錫爾(er)格帶索倫(lun)、準(zhun)噶(ga)(ga)爾(er)兵(bing)(bing)(bing)三千余人往招撫(fu)回(hui)部各(ge)城(cheng)(cheng)，“將回(hui)人等加(jia)意安撫(fu)”，并(bing)催繳各(ge)地稅賦。和(he)卓軍隊據(ju)守庫車城(cheng)(cheng)與阿(a)敏道(dao)(dao)對峙。阿(a)敏道(dao)(dao)詢問庫車伯(bo)克呼(hu)岱巴爾(er)氐(di)（霍集斯長(chang)子）為何據(ju)城(cheng)(cheng)迎戰，呼(hu)岱巴爾(er)氐(di)詭稱因畏懼清軍中(zhong)的(de)準(zhun)噶(ga)(ga)爾(er)兵(bing)(bing)(bing)，不(bu)敢(gan)歸降。于是阿(a)敏道(dao)(dao)令準(zhun)噶(ga)(ga)爾(er)兵(bing)(bing)(bing)撤回(hui)，僅帶索倫(lun)兵(bing)(bing)(bing)一百(bai)余人入城(cheng)(cheng)。
十月(yue)，先前由策楞(leng)遣往葉(xie)爾(er)羌(qiang)、喀什噶爾(er)的官員(yuan)提(ti)奇圖(tu)等返回伊犁(li)軍營，報(bao)告(gao)霍(huo)集占(zhan)(zhan)扣留清(qing)軍派(pai)去(qu)的蒙古兵(bing)丁及(ji)種種謀反情形。兆惠認為波(bo)羅尼都“似屬恭順”，霍(huo)集占(zhan)(zhan)“顯有背逆情狀”，擬(ni)令(ling)霍(huo)集占(zhan)(zhan)親自來(lai)伊犁(li)謁見。但(dan)乾(qian)隆(long)皇帝(di)并未意(yi)識(shi)到局(ju)勢的嚴(yan)重。此時，霍(huo)集占(zhan)(zhan)派(pai)出的使(shi)(shi)者沙泥(ni)雅斯(si)抵達(da)京師謝恩，乾(qian)隆(long)皇帝(di)認為霍(huo)集占(zhan)(zhan)遣使(shi)(shi)遠(yuan)來(lai)“意(yi)甚(shen)誠篤”；且因其向來(lai)畏(wei)懼(ju)準(zhun)噶爾(er)，情有可(ke)原；并傳諭兆惠“但(dan)令(ling)其每年貢賦照(zhao)交(jiao)納，毋庸加以兵(bing)威”。
此時，征討阿(a)睦爾(er)(er)撒納的(de)清軍(jun)主力(li)陸續撤回，一(yi)部(bu)份清軍(jun)被調往蒙(meng)古平定(ding)撤驛之(zhi)變(bian)，天山(shan)北(bei)路守備(bei)空虛。十一(yi)月，乾隆(long)皇帝冊封的(de)輝特汗(han)班珠爾(er)(er)與綽羅斯汗(han)噶勒藏(zang)多爾(er)(er)濟相(xiang)約舉(ju)兵(bing)叛(pan)亂(luan)。已升任定(ding)邊(bian)右副將(jiang)軍(jun)的(de)兆惠率五百余(yu)(yu)人(ren)由伊犁東(dong)撤，在鄂壘扎拉圖（今屬烏蘇市）、庫圖齊、烏魯木齊經(jing)數(shu)次(ci)惡戰后，于次(ci)年(nian)二(er)月退回巴(ba)里坤。阿(a)睦爾(er)(er)撒納重返西(xi)域(yu)，清軍(jun)再次(ci)失去(qu)對天山(shan)北(bei)路的(de)控(kong)制。在此(ci)情勢(shi)下，霍集占(zhan)認為清廷在西(xi)域(yu)的(de)統治已近乎(hu)崩潰，遂于乾隆(long)二(er)十二(er)年(nian)（1757年(nian)）三月令(ling)人(ren)殺死庫車城內的(de)阿(a)敏道(dao)，公開舉(ju)兵(bing)反叛(pan)。呼岱巴(ba)爾(er)(er)氐得知這(zhe)一(yi)命令(ling)后，暗中告知阿(a)敏道(dao)。阿(a)敏道(dao)率眾逃出城外，被霍集占(zhan)軍(jun)追及(ji)，一(yi)百余(yu)(yu)人(ren)全部(bu)戰死。
霍集占的反叛大出乾隆皇帝之預料。乾隆二十二年五月，定邊將軍成袞扎布奏請前往回疆平叛。乾隆皇帝傳諭成袞扎布、兆惠全力擒拿阿睦爾撒納，定于次年春天再進兵回部。六月，阿睦爾撒納與哈薩克汗阿布賚反目，逃入俄羅斯。乾隆二十三年正月二十六日癸丑（1758年3月5日），確認阿睦爾撒納在俄羅斯出痘身死后，乾隆皇帝下諭征討霍集占乾隆皇帝與大(da)臣認為(wei)波羅尼(ni)都(dou)“頗(po)圖安(an)靜”、并(bing)無謀反(fan)之(zhi)心，以至(zhi)期望波羅尼(ni)都(dou)將霍(huo)集(ji)(ji)占擒獲，并(bing)向清軍投誠。二月，朝廷以雅爾哈(ha)(ha)善為(wei)靖(jing)逆將軍，率(lv)參(can)贊(zan)大(da)臣哈(ha)(ha)寧阿、巴里坤領(ling)隊(dui)大(da)臣愛隆阿、吐(tu)魯番貝(bei)勒額敏(min)和卓、哈(ha)(ha)密貝(bei)子玉素富、肅州總(zong)兵閆相師、鑲黃旗察哈(ha)(ha)爾總(zong)管端濟(ji)布(bu)、庫車伯克鄂對等，領(ling)兵八千，由吐(tu)魯番西進，四月中旬至(zhi)喀喇沙爾集(ji)(ji)結。
五月初，清兵包圍庫車。庫車城墻十分堅固，由霍集占的親信阿卜都克勒木駐守。六月，阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由賽里木率軍來援，在托木羅克被額敏和卓擊退。霍集占親率鳥槍兵數千由烏(wu)什來援(yuan)，在庫車城(cheng)(cheng)南被愛隆(long)阿、端濟布等擊(ji)敗。霍集占負傷逃(tao)入庫車城(cheng)(cheng)，堅守不(bu)出。提督馬得勝派兵挖隧道(dao)攻城(cheng)(cheng)，雅爾哈善(shan)求勝心切，催促士兵日夜(ye)挖掘(jue)。守軍在夜(ye)間(jian)看(kan)到火光(guang)，引(yin)水(shui)灌(guan)入隧道(dao)將(jiang)(jiang)清兵淹死。乾隆(long)皇帝見雅爾哈善(shan)指(zhi)揮無方(fang)，遂令定邊將(jiang)(jiang)軍兆惠率兵南下(xia)征討。
霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)入(ru)城(cheng)(cheng)(cheng)后，便殺戮鄂(e)對在城(cheng)(cheng)(cheng)中的(de)親屬(shu)。鄂(e)對之(zhi)妻依(yi)熱(re)木(mu)年(nian)少，霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)欲(yu)納(na)為妾。依(yi)熱(re)木(mu)不(bu)從(cong)，被(bei)囚于(yu)高樓(lou)，日加凌辱，其二子一(yi)女被(bei)叛軍從(cong)城(cheng)(cheng)(cheng)墻上(shang)拋下而死。鄂(e)對向雅(ya)爾(er)(er)哈善提議：分(fen)兵(bing)埋伏于(yu)庫車城(cheng)(cheng)(cheng)西、北(bei)的(de)兩(liang)處(chu)隘口，城(cheng)(cheng)(cheng)中糧(liang)盡時，霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)必出(chu)城(cheng)(cheng)(cheng)逃(tao)走，可從(cong)容將其擒獲(huo)。雅(ya)爾(er)(er)哈善認為鄂(e)對是新降(jiang)之(zhi)人，并不(bu)聽信其言。六(liu)月(yue)二十(shi)三(san)(san)日夜，霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)率(lv)騎(qi)兵(bing)四百(bai)余人出(chu)西門逃(tao)遁。八(ba)月(yue)，阿卜都克勒木(mu)也棄城(cheng)(cheng)(cheng)逃(tao)走。城(cheng)(cheng)(cheng)中頭人阿拉難爾(er)(er)率(lv)老弱殘兵(bing)出(chu)降(jiang)。鄂(e)對入(ru)城(cheng)(cheng)(cheng)后，手刃霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)黨羽三(san)(san)十(shi)余人。
乾隆皇帝得知雅爾(er)(er)哈善(shan)(shan)疏于(yu)防(fang)守，致霍集(ji)占走脫，極為震(zhen)怒，命(ming)將雅爾(er)(er)哈善(shan)(shan)逮京議(yi)斬(zhan)；以工(gong)部尚書納穆札(zha)爾(er)(er)代雅爾(er)(er)哈善(shan)(shan)為靖逆將軍，戶(hu)部侍郎石三(san)泰(tai)為參(can)贊(zan)大臣，受(shou)兆惠節制(zhi)。此(ci)時，雅爾(er)(er)哈善(shan)(shan)留玉素(su)富駐守庫車(che)，以端濟布(bu)為前鋒(feng)，開赴阿(a)克(ke)蘇(su)。
當六月清軍圍攻庫車之時，賽喇木（今拜城(cheng)縣賽里木鎮）、沙雅爾（今沙雅縣）爆發了反對霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)的(de)起義(yi)，二城(cheng)隨(sui)即(ji)向清軍投降。在霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)從(cong)庫車逃(tao)往阿(a)克蘇(su)途(tu)中，阿(a)克蘇(su)毛拉(la)阿(a)舒爾率眾(zhong)殺(sha)死霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)的(de)親信，推(tui)舉頗拉(la)特為總伯克，派人向清軍投誠(cheng)。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)攻阿(a)克蘇(su)城(cheng)不下，又(you)奔赴烏什。
八月二十四日(ri)，兆惠與雅爾哈善會合，次日(ri)進駐阿(a)克(ke)(ke)蘇。兆惠奏請以(yi)鄂(e)對為(wei)阿(a)克(ke)(ke)蘇之阿(a)奇木伯克(ke)(ke)，頗拉特為(wei)其副手；并(bing)收繳雅爾哈善官印，將其押(ya)解赴京。兆惠隨(sui)即向(xiang)烏什進發，留閆(yan)相師綠(lv)營(ying)兵八百人駐防阿(a)克(ke)(ke)蘇城。革職后(hou)在兆惠軍(jun)中(zhong)效力的舒赫德也留在阿(a)克(ke)(ke)蘇。
烏(wu)什(shen)伯克漠咱帕爾是霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)之子(zi)，得知霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)率軍前來，企(qi)圖設宴將其(qi)誘擒，但計劃泄露。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)得知后不敢入城(cheng)(cheng)，派隨軍的霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)招降(jiang)漠咱帕爾。霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)原為烏(wu)什(shen)、吐魯番一帶豪族，被迫依附于霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)。入城(cheng)(cheng)后，霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)隨即倒戈，派其(qi)子(zi)呼岱巴爾氐前往阿克蘇迎清軍入城(cheng)(cheng)。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)一路向南(nan)退卻，返回(hui)喀(ka)什(shen)噶爾。八月三十日，兆惠(hui)進駐烏(wu)什(shen)，以霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)之妻與總兵丑達駐守。
九月初，兆(zhao)惠派侍衛齊(qi)(qi)凌扎布與鄂對前(qian)往和(he)闐招降。由(you)于(yu)和(he)闐伯克(ke)霍集(ji)斯已(yi)降清(qing)，和(he)闐首城額(e)里齊(qi)(qi)（今和(he)田(tian)市(shi)）的頭人將霍集(ji)占黨羽驅逐，迎清(qing)兵入城。九月下旬，和(he)闐所轄的哈喇哈什（今墨玉縣(xian)(xian)(xian)）、克(ke)勒底雅（今于(yu)田(tian)縣(xian)(xian)(xian)）、齊(qi)(qi)爾(er)拉(la)（今策勒縣(xian)(xian)(xian)）、玉隴哈什（今洛浦縣(xian)(xian)(xian)玉龍喀什鎮）、塔克(ke)（在今于(yu)田(tian)縣(xian)(xian)(xian)南）全部歸降。至此，僅有喀什噶(ga)爾(er)、葉(xie)爾(er)羌二城尚(shang)在大小和(he)卓(zhuo)手中。
自兆惠(hui)南下一月(yue)(yue)有余，阿克(ke)蘇(su)(su)、烏什、和闐望(wang)風(feng)而(er)降，致使其(qi)錯判(pan)形勢(shi)，輕(qing)敵冒進(jin)。霍集斯向兆惠(hui)提議：先(xian)攻(gong)占葉爾(er)(er)羌，截(jie)住大小和卓(zhuo)出逃之(zhi)路(lu)；再進(jin)兵(bing)喀(ka)什噶爾(er)(er)，則波羅尼都自當歸(gui)(gui)降。于是兆惠(hui)不(bu)等(deng)納穆札爾(er)(er)、石三(san)泰(tai)的主(zhu)力抵達，先(xian)率(lv)四千人向葉爾(er)(er)羌進(jin)發(fa)，愛隆(long)阿、戶部侍(shi)郎明瑞、霍集斯、端濟(ji)布、噶岱默特等(deng)從行。乾(qian)隆(long)皇(huang)帝(di)也認為“回部各(ge)城迎降相繼，大功可(ke)(ke)計(ji)日而(er)成”，開始考慮各(ge)城伯克(ke)人選，以及駐兵(bing)屯田等(deng)事宜。又令(ling)章嘉(jia)呼圖(tu)克(ke)圖(tu)寫信給拉達克(ke)（今克(ke)什米爾(er)(er)東南）頭人，若(ruo)大小和卓(zhuo)逃至(zhi)彼(bi)處，“即(ji)擒解前(qian)來”，“斷不(bu)可(ke)(ke)容留疏縱(zong)”。九月(yue)(yue)，乾(qian)隆(long)皇(huang)帝(di)令(ling)在哈薩克(ke)追剿叛軍(jun)的參贊大臣富(fu)德(de)前(qian)往(wang)阿克(ke)蘇(su)(su)策應兆惠(hui)。又起用舒(shu)赫德(de)為頭等(deng)侍(shi)衛(wei)，并(bing)增派察哈爾(er)(er)兵(bing)七百人、綠營(ying)兵(bing)三(san)百人赴阿克(ke)蘇(su)(su)，歸(gui)(gui)舒(shu)赫德(de)統領(ling)。
霍(huo)集(ji)占退回(hui)喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)后，波(bo)羅(luo)尼都怨其輕(qing)舉妄動，招致(zhi)清(qing)軍征(zheng)討。于是霍(huo)集(ji)占前(qian)往葉爾(er)羌(qiang)駐守，堅壁(bi)清(qing)野，并散布謠言稱清(qing)軍已將霍(huo)集(ji)斯殺(sha)害，且要來(lai)殺(sha)盡回(hui)人(ren)。十月初五，兆惠進兵葉爾(er)羌(qiang)城(cheng)(cheng)(cheng)下，見葉爾(er)羌(qiang)城(cheng)(cheng)(cheng)池較大，便設法(fa)誘敵出戰(zhan)。初六日，清(qing)兵分(fen)七隊攻(gong)城(cheng)(cheng)(cheng)。霍(huo)集(ji)占的騎兵出北(bei)門突擊，擊潰了(le)清(qing)軍中的索倫兵，但被健銳營擊敗，于是固守不(bu)出。兆惠兵少不(bu)能圍城(cheng)(cheng)(cheng)，令愛隆阿、侍(shi)衛奎瑪(ma)岱領(ling)兵八百人(ren)北(bei)上防范喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)來(lai)援，并接應納穆(mu)札爾(er)、石三泰的援軍。此時，波(bo)羅(luo)尼都親率五千人(ren)前(qian)來(lai)增援霍(huo)集(ji)占。
富德(de)接到諭(yu)旨(zhi)后，于(yu)十(shi)月抵達烏魯(lu)木齊。十(shi)月中旬，乾(qian)隆(long)皇帝(di)又令富德(de)領兵南(nan)下(xia)巴(ba)爾(er)(er)楚(chu)克（今巴(ba)楚(chu)縣）護衛(wei)清軍(jun)臺站；若到時兆惠仍未攻下(xia)葉爾(er)(er)羌，即可領兵攻取喀什噶爾(er)(er)。
兆(zhao)惠偵知和卓士兵(bing)在葉(xie)爾羌城南(nan)的英額齊盤山放牧，打算突襲牧地(di)，掠其牲畜。
十月十三日(ri)（公歷1758年11月13日(ri)），兆(zhao)惠(hui)由城(cheng)南奪橋(qiao)渡(du)黑水（維吾爾(er)語稱黑水為喀(ka)喇烏蘇），才過四百(bai)人時(shi)，橋(qiao)梁(liang)垮塌，隨(sui)即被霍集(ji)占軍(jun)一萬(wan)余人包(bao)圍。在混亂(luan)中清(qing)軍(jun)被圍成(cheng)數截，且戰(zhan)且渡(du)。兆(zhao)惠(hui)傷(shang)及面頰，坐騎中槍倒斃，兩度換馬。激戰(zhan)五晝夜后(hou)，清(qing)兵陣亡數百(bai)人，馬匹陷入泥淖者甚多。西寧(ning)鎮總(zong)兵高天喜、副都統三格(ge)、護(hu)軍(jun)統領鄂實(shi)、監察(cha)御史(shi)何泰、侍(shi)衛特通(tong)(tong)額等戰(zhan)死(si)。兆(zhao)惠(hui)無法(fa)突圍，遂于(yu)黑水南岸就(jiu)地結營(ying)，修筑壕溝，此即當時(shi)著名的(de)“黑水營(ying)”。霍集(ji)占軍(jun)也就(jiu)地駐扎，將(jiang)清(qing)軍(jun)營(ying)盤團團圍住。此役即通(tong)(tong)古思魯(lu)克之戰(zhan)。
十(shi)月(yue)十(shi)三(san)(san)(san)(san)日黑水之戰的同時，納(na)穆札(zha)(zha)(zha)爾、石(shi)三(san)(san)(san)(san)泰(tai)的援(yuan)軍(jun)與(yu)愛隆阿會合。納(na)穆札(zha)(zha)(zha)爾與(yu)諸將率二百余騎(qi)兵趁夜行軍(jun)，以期黎明(ming)時與(yu)兆(zhao)惠會合，但在(zai)途中遇到波(bo)羅尼都(dou)派出(chu)的援(yuan)軍(jun)三(san)(san)(san)(san)千余人(ren)，陷入(ru)包(bao)圍。納(na)穆札(zha)(zha)(zha)爾、石(shi)三(san)(san)(san)(san)泰(tai)、侍(shi)衛奎瑪岱、彰(zhang)武、班泰(tai)、管站西(xi)拉布、護軍(jun)校齊(qi)(qi)旺扎布等皆(jie)戰死，僅有少數兵丁逃出(chu)。愛隆阿聞訊前往援(yuan)救，得知納(na)穆札(zha)(zha)(zha)爾已(yi)全(quan)軍(jun)覆沒，遂撤往阿克(ke)(ke)蘇。兆(zhao)惠上書請罪，并奏請調阿克(ke)(ke)蘇等地守軍(jun)于年底齊(qi)(qi)集，“合力攻剿”。
和卓軍向黑水營清兵輪番發動攻擊，均被兆惠擊退，于是打算長期圍困，待清兵糧盡時不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清營，被清兵導入戰壕排至下游，反而便于清兵汲水。清軍營地多林木，和卓兵射出的鉛彈陷入樹中，清兵砍柴生火時將子彈取出，足以補充彈藥。十一月中旬，布魯特（柯爾克孜人）頭人納喇巴圖流(liu)亡的額(e)爾克和卓額(e)色尹(yin)等人領兵(bing)襲擊了喀(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾的屬城英(ying)吉(ji)沙爾（今英(ying)吉(ji)沙縣(xian)），同一天(tian)，兆(zhao)(zhao)惠(hui)出擊焚(fen)毀了兩(liang)處和卓軍營。大小和卓以為布(bu)魯特與清軍聯(lian)合，遂遣(qian)人與兆(zhao)(zhao)惠(hui)議和。兆(zhao)(zhao)惠(hui)提出大小和卓必須先行(xing)入京朝(chao)覲；大小和卓則稱“愿(yuan)送(song)口糧(liang)，撤圍(wei)相見”，兆(zhao)(zhao)惠(hui)不(bu)予答復。于是波羅尼都領兵(bing)撤回喀(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾，防御布(bu)魯特侵擾。至年末，兆(zhao)(zhao)惠(hui)已(yi)被圍(wei)困三(san)個月，軍糧(liang)耗盡，士兵(bing)只得(de)焚(fen)煮馬鞍(an)、皮革，甚至掠取平民烹食。
十(shi)一月初，乾隆皇帝接到兆(zhao)惠被圍(wei)的(de)奏報，以富德為定邊右副(fu)將軍，徑(jing)赴葉(xie)爾羌(qiang)解兆(zhao)惠之圍(wei)；以副(fu)都統阿里袞、舒赫(he)德、愛隆阿為參贊(zan)大臣(chen)，調集(ji)兵馬(ma)、駱駝前往增(zeng)援；令陜甘總督黃廷桂預備馬(ma)匹二萬，供西(xi)征(zheng)清軍調用。又命成袞扎(zha)布征(zheng)發漠(mo)北(bei)達(da)什(shen)達(da)瓦所屬準噶爾兵丁，于(yu)次年從特(te)穆爾圖淖爾（今(jin)吉爾吉斯斯坦伊塞(sai)克(ke)湖）南下助攻。
富德得知兆惠被圍困后，率副都統鄂博什及侍衛瑪瑺、額爾登額、老格等，于十一月十一日從烏魯木齊出發，日夜兼程開赴阿克蘇。領隊大臣豆斌、散秩大臣永慶、副都統瑚(hu)爾起、福祿、總管端(duan)濟布等領兵協同。十二(er)月(yue)初四日，舒赫(he)德(de)(de)率新(xin)到(dao)的(de)內地、索倫士兵與(yu)原駐(zhu)兵丁(ding)共三千(qian)五(wu)百人由阿(a)克蘇開拔。十二(er)月(yue)十六日，富德(de)(de)抵達阿(a)克蘇。二(er)十五(wu)日，阿(a)里(li)袞押送駝馬(ma)到(dao)達阿(a)克蘇；同時，富德(de)(de)在巴爾楚(chu)克趕上舒赫(he)德(de)(de)的(de)隊伍，向(xiang)葉爾羌進發(fa)。
乾隆二十四(si)年正月(yue)(yue)(yue)初(chu)六日(ri)(ri)(ri)（1759年2月(yue)(yue)(yue)3日(ri)(ri)(ri)），富(fu)(fu)(fu)德(de)在葉爾(er)羌東(dong)北的呼爾(er)滿與(yu)前來截擊(ji)的和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)五千余人遭遇。激戰至(zhi)夜(ye)間，和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)退(tui)(tui)卻(que)，清(qing)軍(jun)戰馬(ma)經長途(tu)跋(ba)涉，紛紛倒斃，無(wu)力追趕。次日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)(yue)4日(ri)(ri)(ri)），和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)占據(ju)山崗，與(yu)富(fu)(fu)(fu)德(de)軍(jun)相持(chi)于(yu)戈壁中。初(chu)八日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)(yue)5日(ri)(ri)(ri)），和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)得知清(qing)軍(jun)少馬(ma)，率大(da)軍(jun)圍攻富(fu)(fu)(fu)德(de)。清(qing)軍(jun)拒(ju)守于(yu)沁達爾(er)，苦戰不(bu)能突破，且戈壁無(wu)水，士兵只得吞咽(yan)冰(bing)塊。初(chu)九日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)(yue)6日(ri)(ri)(ri)）夜(ye)，阿(a)里(li)袞(gun)率援軍(jun)及馬(ma)一千匹、駝四(si)百只趕到，與(yu)鄂博(bo)什從兩翼突擊(ji)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)營，富(fu)(fu)(fu)德(de)乘勢掩殺，和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)開始潰退(tui)(tui)。十日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)(yue)7日(ri)(ri)(ri)）黎明，阿(a)里(li)袞(gun)、護軍(jun)統領努三(san)與(yu)富(fu)(fu)(fu)德(de)三(san)路夾攻，和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)向南遁去。此(ci)役，富(fu)(fu)(fu)德(de)、阿(a)里(li)袞(gun)等(deng)斬(zhan)殺和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵千余人，史稱呼爾(er)滿大(da)捷。
正月初八，兆惠(hui)(hui)聽(ting)到北方有槍炮聲，又(you)見圍營的和(he)(he)卓(zhuo)兵(bing)(bing)漸少(shao)，料想援(yuan)軍(jun)已至(zhi)，遂分兵(bing)(bing)兩路(lu)出(chu)擊，攻(gong)取(qu)營壘，并(bing)派人聯絡富德(de)。十三(san)日(ri)夜，富德(de)進(jin)兵(bing)(bing)至(zhi)葉爾羌河岸，距(ju)兆惠(hui)(hui)兵(bing)(bing)營尚有二十里。十四日(ri)黎(li)明，富德(de)領兵(bing)(bing)前行，斬殺和(he)(he)卓(zhuo)兵(bing)(bing)二三(san)百人。和(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)隊渡河而去。富德(de)與(yu)兆惠(hui)(hui)會(hui)合，按照諭(yu)旨于(yu)當晚啟程返回阿克(ke)蘇(su)。至(zhi)此黑(hei)水之圍得解，“將軍(jun)以(yi)下皆無恙(yang)”，“卒得全，莫(mo)不(bu)喜極涕出(chu)”。霍集占見兩路(lu)清軍(jun)匯合后，不(bu)再(zai)派兵(bing)(bing)阻截。此間，波羅尼都(dou)中(zhong)鳥槍受傷，欲向清軍(jun)投(tou)降，霍集占又(you)不(bu)許。
在呼爾滿之戰前的乾隆二十三年十一月二十六日（1758年12月26日），霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟與鄂斯滿、塞頗爾等率兵六百余人進攻和闐，阻截額里齊、哈喇哈什之間道路；又派其岳父薩里克誘降當地伯克。當地駐防清兵只有綠營、索倫兵五百五十人，分守各城。鄂斯滿首先攻占克勒底雅，滿洲通事哲勒順(shun)被殺(sha)，克(ke)勒底雅(ya)伯(bo)克(ke)阿(a)(a)(a)里(li)(li)(li)(li)木(mu)(mu)沙逃(tao)往額里(li)(li)(li)(li)齊(qi)(qi)。阿(a)(a)(a)卜都哈(ha)(ha)里(li)(li)(li)(li)克(ke)將阿(a)(a)(a)里(li)(li)(li)(li)木(mu)(mu)沙之妻帶到額里(li)(li)(li)(li)齊(qi)(qi)城下(xia)，又將其子(zi)(zi)當阿(a)(a)(a)里(li)(li)(li)(li)木(mu)(mu)沙之面殺(sha)死。不久，齊(qi)(qi)拉爾(er)失陷，伯(bo)克(ke)錫魯卜亦逃(tao)入額里(li)(li)(li)(li)齊(qi)(qi)。齊(qi)(qi)凌扎布、鄂對行文阿(a)(a)(a)克(ke)蘇請求(qiu)增援。乾(qian)隆二(er)十四(si)年正月(yue)，阿(a)(a)(a)克(ke)蘇辦事侍(shi)郎(lang)永貴(gui)派(pai)兵一百人(ren)護送(song)軍馬前往。正月(yue)十五日(ri)（1759年2月(yue)12日(ri)）后(hou)，和(he)卓(zhuo)兵圍攻額里(li)(li)(li)(li)齊(qi)(qi)、哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什。索倫驍(xiao)騎校烏(wu)爾(er)圖保(bao)固守(shou)額里(li)(li)(li)(li)齊(qi)(qi)，哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什伯(bo)克(ke)海里(li)(li)(li)(li)雅(ya)木(mu)(mu)哈(ha)(ha)子(zi)(zi)、阿(a)(a)(a)瓦斯默(mo)特(te)領(ling)四(si)千回兵與齊(qi)(qi)凌扎布一同(tong)抵抗(kang)。
正(zheng)月(yue)末，駐(zhu)守巴(ba)(ba)爾(er)(er)楚克的參贊(zan)(zan)大臣巴(ba)(ba)祿派兵(bing)三百名援救和闐。乾隆(long)皇帝命巴(ba)(ba)祿親自領兵(bing)增援，同(tong)時以賽音諾顏部郡王(wang)策布(bu)登(deng)扎布(bu)為副將軍，福(fu)祿、車木楚克扎布(bu)為參贊(zan)(zan)，巡查額爾(er)(er)齊斯河至巴(ba)(ba)爾(er)(er)喀什(shen)湖一帶(dai)(dai)，防(fang)備(bei)霍集占經伊犁逃往俄羅斯。兆惠回到阿(a)克蘇(su)后(hou)(hou)，令(ling)愛隆(long)阿(a)駐(zhu)防(fang)烏什(shen)，派瑚爾(er)(er)起、巴(ba)(ba)圖濟爾(er)(er)噶爾(er)(er)帶(dai)(dai)九百兵(bing)援救和闐；上奏(zou)待糧餉、馬匹(pi)到后(hou)(hou)，再遣富(fu)德領兵(bing)數千前往。乾隆(long)皇帝因兆惠、富(fu)德進兵(bing)過緩，加以申斥。二月(yue)，玉隴哈什(shen)失陷。乾隆(long)皇帝因新任陜甘總督(du)吳達善辦理兵(bing)馬事務(wu)不力，命閩(min)浙總督(du)楊應琚來京(jing)，不久調(diao)任陜甘總督(du)。
三月(yue)三日(ri)，哈(ha)喇(la)(la)哈(ha)什(shen)失陷，齊(qi)凌(ling)扎布(bu)突圍而(er)出。六日(ri)，瑚爾(er)(er)起等(deng)(deng)抵(di)達額里(li)齊(qi)，與散秩大(da)臣鄂對(dui)、侍衛噶布(bu)舒相會。九日(ri)，瑚爾(er)(er)起進(jin)至哈(ha)喇(la)(la)哈(ha)什(shen)，乘霧(wu)襲擊和(he)卓軍(jun)營，射殺阿(a)卜(bu)都哈(ha)里(li)克(ke)(ke)(ke)。鄂斯滿、霍集雅(ya)斯負傷(shang)逃走。十(shi)一日(ri)，清軍(jun)收復(fu)玉隴哈(ha)什(shen)、齊(qi)爾(er)(er)拉。隨后遣人(ren)招(zhao)降克(ke)(ke)(ke)勒(le)底(di)(di)雅(ya)、塔克(ke)(ke)(ke)。克(ke)(ke)(ke)勒(le)底(di)(di)雅(ya)頭人(ren)四德(de)和(he)卓將阿(a)卜(bu)都克(ke)(ke)(ke)勒(le)木屬(shu)下布(bu)庫塔斯執獻(xian)清軍(jun)。塔克(ke)(ke)(ke)頭人(ren)默里(li)善也將諾們伯克(ke)(ke)(ke)、毛拉岳科卜(bu)等(deng)(deng)擒獻(xian)，和(he)闐平定。四月(yue)二(er)十(shi)二(er)日(ri)，富德(de)率軍(jun)抵(di)達額里(li)齊(qi)駐守。
呼爾滿之戰后，霍集占兄弟“由于清軍的進攻和維吾爾群眾的背離，整個陷入了困境”。二、三月間，霍集占派人聯絡蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。因浩罕未有回信，且懼布魯特沿途騷擾，和卓兄弟決定逃往巴達克山，或再由巴達克山前往痕都斯坦（今克什米爾地區南部及巴(ba)基斯坦(tan)北(bei)部）。四月(yue)，清兵(bing)占領(ling)和闐的消息傳(chuan)來，葉爾(er)羌人心驚動，霍集(ji)占將家眷、財物移(yi)往葉爾(er)羌以西的赫色勒塔克。波(bo)羅尼(ni)都也向喀什噶爾(er)居民索取軍糧、馬匹，在(zai)六月(yue)十日之前陸續運(yun)到塔勒巴(ba)楚(chu)克河，自己(ji)僅(jin)與(yu)親信留在(zai)喀什噶爾(er)居住。
在大小和卓準備出逃的(de)同時，兆惠(hui)、富德正籌集(ji)糧(liang)餉，計劃乘麥熟之前進攻(gong)葉爾(er)(er)羌。五月，避難于(yu)(yu)布魯(lu)特的(de)原喀什(shen)(shen)噶爾(er)(er)伯(bo)(bo)克和什(shen)(shen)克隨(sui)清軍侍(shi)衛(wei)布占泰來(lai)到阿克蘇，向(xiang)兆惠(hui)建議先攻(gong)取喀什(shen)(shen)噶爾(er)(er)，以免霍集(ji)占投(tou)奔浩罕(han)的(de)額(e)爾(er)(er)德尼(ni)伯(bo)(bo)克。于(yu)(yu)是兆惠(hui)等人議定(ding)先攻(gong)喀什(shen)(shen)噶爾(er)(er)，再(zai)取葉爾(er)(er)羌。此時，流(liu)亡于(yu)(yu)境(jing)外的(de)和卓后(hou)裔陸(lu)續(xu)向(xiang)清軍投(tou)誠。額(e)色尹、瑪木特派人前往(wang)兆惠(hui)軍營，稱(cheng)其(qi)現在布魯(lu)特“候進兵(bing)信息，情愿(yuan)效(xiao)力”。在清兵(bing)進發(fa)之前，與波羅尼(ni)都(dou)交情深(shen)厚的(de)霍集(ji)斯派親信巴喇(la)特前往(wang)喀什(shen)(shen)噶爾(er)(er)，仍期望波羅尼(ni)都(dou)歸降。
六(liu)月(yue)(yue)二(er)日，富德由和闐啟程，進兵葉爾(er)(er)羌。十(shi)一日，兆惠領(ling)(ling)兵九千由烏(wu)什(shen)(shen)南下，進兵喀(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)(er)。阿(a)(a)里袞、巴(ba)祿領(ling)(ling)兵三千出巴(ba)爾(er)(er)楚克(ke)(ke)，在(zai)(zai)喀(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)(er)、葉爾(er)(er)羌之間地方等待與(yu)(yu)富德會(hui)合，并把(ba)守各(ge)處關(guan)隘。六(liu)月(yue)(yue)十(shi)二(er)日，霍(huo)集占派(pai)阿(a)(a)卜都(dou)克(ke)(ke)勒木通知波羅(luo)尼都(dou)準備逃(tao)(tao)離。六(liu)月(yue)(yue)十(shi)五日，布魯特(te)百余人(ren)劫(jie)掠了喀(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)(er)城(cheng)(cheng)北的(de)阿(a)(a)喇(la)古，波羅(luo)尼都(dou)派(pai)鄂斯滿、優駑斯出戰，被布魯特(te)兵打敗。六(liu)月(yue)(yue)十(shi)八日，額色尹、瑪木特(te)與(yu)(yu)波羅(luo)尼都(dou)交戰，剿殺(sha)多人(ren)，隨后來到兆惠軍(jun)營投誠。波羅(luo)尼都(dou)以抗擊布魯特(te)為(wei)由，向(xiang)城(cheng)(cheng)內居(ju)民勒索財物、兵器(qi)；又毀壞城(cheng)(cheng)內街(jie)市、城(cheng)(cheng)門，“焚(fen)城(cheng)(cheng)掘樹(shu)”，裹(guo)挾(xie)喀(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)(er)及附屬各(ge)城(cheng)(cheng)的(de)貴(gui)族、民眾(zhong)西逃(tao)(tao)。阿(a)(a)奇(qi)木伯克(ke)(ke)阿(a)(a)卜都(dou)喇(la)伊木、密里木哈(ha)子(zi)墨(mo)(mo)墨(mo)(mo)氐敏、伯克(ke)(ke)阿(a)(a)卜都(dou)爾(er)(er)滿以及霍(huo)集斯之兄阿(a)(a)卜都(dou)瓜卜也被一并帶走(zou)。喀(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)(er)居(ju)民不愿(yuan)隨行，在(zai)(zai)途(tu)中紛紛逃(tao)(tao)逸，多前往附近的(de)牌租(zu)阿(a)(a)巴(ba)特(te)（今伽師縣）。牌租(zu)阿(a)(a)巴(ba)特(te)伯克(ke)(ke)呢雅斯收留逃(tao)(tao)亡民眾(zhong)，閉(bi)城(cheng)(cheng)拒守。汗額里吉衣(yi)、雅普爾(er)(er)古、烏(wu)什(shen)(shen)哈(ha)喇(la)等城(cheng)(cheng)各(ge)自保聚。
六月二十七日，波羅尼都將喀什噶爾居民擄至城南的提斯袞，由玉魯克嶺（在(zai)今疏附縣西(xi)南）西(xi)逃(tao)，帶走居民(min)一(yi)百(bai)五(wu)十戶，及(ji)其(qi)親信之家眷、奴仆千余人(ren)。霍(huo)集占搶掠葉爾(er)(er)羌(qiang)(qiang)居民(min)的馬匹、牲畜后(hou)，又向當地毛拉勒索(suo)白(bai)銀四千兩，于閏六(liu)月二(er)日(ri)啟程，經(jing)伯克和羅木渡(du)口逃(tao)往(wang)羌(qiang)(qiang)呼勒。大小和卓在(zai)色勒庫(ku)爾(er)(er)（今塔什庫(ku)爾(er)(er)干縣）會合(he)后(hou)向西(xi)出逃(tao)。留(liu)在(zai)喀(ka)什噶爾(er)(er)、葉爾(er)(er)羌(qiang)(qiang)二(er)城的伯克隨即派(pai)人(ren)迎清兵入城。閏六(liu)月十四日(ri)，兆(zhao)惠進駐(zhu)喀(ka)什噶爾(er)(er)城，富(fu)德(de)所(suo)部先鋒鄂博什進駐(zhu)葉爾(er)(er)羌(qiang)(qiang)城。十八日(ri)，富(fu)德(de)進入葉爾(er)(er)羌(qiang)(qiang)。乾隆皇(huang)帝(di)令兆(zhao)惠留(liu)駐(zhu)喀(ka)什噶爾(er)(er)，辦理喀(ka)、葉二(er)城事務；富(fu)德(de)、明瑞等速領兵追擊。
霍斯庫魯克之戰兆惠進(jin)入喀什噶(ga)爾(er)后，留閆相(xiang)師(shi)(shi)的(de)綠營兵(bing)(bing)駐守(shou)，派參贊大臣明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)等(deng)率(lv)兵(bing)(bing)追擊(ji)；同時(shi)傳檄浩罕、那木干(gan)、安(an)集(ji)延、瑪爾(er)噶(ga)朗(lang)等(deng)國協同搜捕大小和卓。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)、愛(ai)隆(long)阿于(yu)閏六(liu)月(yue)十五(wu)日，率(lv)兩(liang)千(qian)人啟程，向(xiang)西進(jin)入蔥嶺（帕米爾(er)）群山中。霍(huo)集(ji)占兄(xiong)弟欲(yu)往(wang)巴(ba)達克山，但(dan)眾伯克不從，只得北上安(an)集(ji)延。得知清兵(bing)(bing)追緊(jin)，于(yu)是棄其(qi)輜重，令(ling)家眷(juan)先(xian)行(xing)。沿途無水草之(zhi)處(chu)，以(yi)大麥喂馬(ma)(ma)。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)等(deng)緣山行(xing)走，繞峰渡河，由色勒庫爾(er)向(xiang)北前往(wang)哈喇庫勒（塔吉克斯(si)坦東北之(zhi)喀拉湖(hu)）。閏六(liu)月(yue)二十八日黎明(ming)(ming)，明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)率(lv)前鋒九百(bai)(bai)(bai)人在霍(huo)斯(si)庫魯克嶺（在喀拉湖(hu)以(yi)北）追上大小和卓六(liu)千(qian)余(yu)人。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)誘敵(di)下山不成，恐(kong)相(xiang)持稍久，使(shi)和卓兄(xiong)弟逃脫，遂下令(ling)仰攻山峰。和卓兵(bing)(bing)以(yi)槍炮還擊(ji)。激戰三個(ge)時(shi)辰，和卓兵(bing)(bing)開(kai)始退(tui)(tui)卻(que)，清兵(bing)(bing)因馬(ma)(ma)匹(pi)勞累，無力追及。和卓兵(bing)(bing)重新集(ji)結后，恃其(qi)人眾，回(hui)師(shi)(shi)將明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)分隊合圍。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)且戰且行(xing)，設埋兵(bing)(bing)從山上放槍，然后調(diao)頭沖入敵(di)陣，才(cai)擊(ji)退(tui)(tui)和卓兵(bing)(bing)。此戰明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)軍斬(zhan)殺五(wu)百(bai)(bai)(bai)余(yu)人，俘獲(huo)三十余(yu)人，清兵(bing)(bing)陣亡(wang)百(bai)(bai)(bai)余(yu)人，是為霍(huo)斯(si)庫魯克之(zhi)戰。
七月初，富德(de)、阿(a)(a)里(li)袞與明(ming)瑞在喀(ka)喇烏蘇會合，選(xuan)四千(qian)精兵(bing)(bing)(bing)進發(fa)。其余(yu)兵(bing)(bing)(bing)丁由(you)(you)總兵(bing)(bing)(bing)楊(yang)寧帶領招降(jiang)沙爾(er)(er)呼勒，并聽候(hou)調遣(qian)。七月七日(ri)，富德(de)探知霍集占在前(qian)方(fang)一百余(yu)里(li)戈壁中(zhong)(zhong)(zhong)。九日(ri)辰時，清(qing)兵(bing)(bing)(bing)追(zhui)至阿(a)(a)爾(er)(er)楚爾(er)(er)（在今塔(ta)吉克(ke)斯坦戈爾(er)(er)諾-巴(ba)達赫尚自治州穆爾(er)(er)加布區東南）。大(da)小和卓(zhuo)令馱(tuo)載先行，設伏兵(bing)(bing)(bing)六千(qian)于阿(a)(a)爾(er)(er)楚爾(er)(er)山(shan)谷中(zhong)(zhong)(zhong)。富德(de)以火器營(ying)、健銳營(ying)居中(zhong)(zhong)(zhong)，巴(ba)圖濟爾(er)(er)噶爾(er)(er)、鄂齊爾(er)(er)出左(zuo)翼(yi)，由(you)(you)屯、伊柱為右翼(yi)，奪(duo)取南、北阿(a)(a)爾(er)(er)楚爾(er)(er)山(shan)，并向下沖擊(ji)(ji)山(shan)谷中(zhong)(zhong)(zhong)的(de)和卓(zhuo)兵(bing)(bing)(bing)。阿(a)(a)里(li)袞、明(ming)瑞、巴(ba)祿、參贊(zan)大(da)臣阿(a)(a)桂也從兩翼(yi)突擊(ji)(ji)。富德(de)出兵(bing)(bing)(bing)佯攻和卓(zhuo)馱(tuo)隊，明(ming)瑞、鄂博什繞到(dao)后方(fang)夾(jia)擊(ji)(ji)。鏖戰(zhan)一日(ri)，清(qing)軍殲滅和卓(zhuo)軍一千(qian)余(yu)人(ren)，生擒五十余(yu)人(ren)，陣斬阿(a)(a)卜都克(ke)勒木(mu)，此即阿(a)(a)爾(er)(er)楚爾(er)(er)之戰(zhan)。
七月十日傍晚，清兵追至阿爾楚爾以西的布(bu)隆庫(ku)勒，偵(zhen)知大(da)小(xiao)(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)逃(tao)至(zhi)布(bu)隆庫(ku)勒湖東北的伊西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖(nao)(nao)爾(er)（塔吉克(ke)斯坦(tan)東南(nan)之葉什勒池(chi)）湖畔(pan)。波羅(luo)尼都(dou)駐扎于湖岸北山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)，霍(huo)集占率部占據東面山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)峰。伊西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖(nao)(nao)爾(er)以西(xi)有(you)一大(da)嶺(ling)(ling)(ling)，過此嶺(ling)(ling)(ling)即(ji)是巴達(da)克(ke)山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)界。富德先遣(qian)阿(a)(a)(a)里袞、達(da)爾(er)黨阿(a)(a)(a)、由屯(tun)、官長保、瑚什等領兵(bing)(bing)五百(bai)，往湖西(xi)堵(du)截大(da)小(xiao)(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)去路(lu)；伊柱(zhu)、鄂(e)博什、溫布(bu)等領兵(bing)(bing)八百(bai)，往山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)后阻截。十(shi)一日，富德、巴祿、明瑞、阿(a)(a)(a)桂(gui)、領隊大(da)臣傅(fu)景(jing)、瑚爾(er)起等率兵(bing)(bing)一千余人(ren)，進至(zhi)伊西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖(nao)(nao)爾(er)。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)從山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)上炮擊清(qing)兵(bing)(bing)，以死相拒(ju)。富德選(xuan)健銳營、吉林、索倫(lun)、厄(e)魯特各營鳥(niao)槍兵(bing)(bing)四十(shi)余人(ren)，仰攻北路(lu)山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)嶺(ling)(ling)(ling)。又(you)(you)令霍(huo)集斯、鄂(e)對(dui)樹(shu)起維吾(wu)爾(er)人(ren)舊時旗幟招降和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)士。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)大(da)潰，投(tou)降者(zhe)甚眾(zhong)，霍(huo)集占奪馬而(er)逃(tao)，乘夜繞過山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)嶺(ling)(ling)(ling)與(yu)波羅(luo)尼都(dou)會合(he)。此即(ji)伊西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖(nao)(nao)爾(er)之戰。十(shi)二日，又(you)(you)有(you)被堵(du)截在(zai)北山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)的和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)兩(liang)千人(ren)投(tou)降。大(da)小(xiao)(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)僅率妻子、奴仆三四百(bai)人(ren)出奔巴達(da)克(ke)山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)。富德派(pai)齊(qi)凌扎布(bu)、鄂(e)對(dui)、散(san)秩大(da)臣阿(a)(a)(a)什默特將投(tou)降人(ren)眾(zhong)送往英(ying)吉沙爾(er)，又(you)(you)率巴祿、阿(a)(a)(a)桂(gui)、傅(fu)景(jing)、瑚爾(er)起等四百(bai)余人(ren)，與(yu)阿(a)(a)(a)里袞分兵(bing)(bing)兩(liang)路(lu)，于十(shi)二日啟程，追剿至(zhi)巴達(da)克(ke)山(shan)(shan)(shan)(shan)(shan)境內(nei)。
有西(xi)(xi)方學者認為伊西(xi)(xi)洱庫爾(er)淖爾(er)之戰是(shi)(shi)中(zhong)國(guo)(guo)將(jiang)領(ling)在(zai)(zai)奏折(zhe)中(zhong)虛構的，“無(wu)疑(yi)是(shi)(shi)十分夸張而在(zai)(zai)地(di)理的敘述上又實(shi)在(zai)(zai)模糊”，而帕米爾(er)當(dang)地(di)居民并(bing)不知曉(xiao)此(ci)事。十九世紀(ji)末的英國(guo)(guo)殖民者內伊·伊萊亞(ya)斯（NeyElias）認為：跟(gen)隨大小和卓的僅有數百人，而且(qie)主要是(shi)(shi)婦女(nv)、兒童和奴隸。當(dang)中(zhong)國(guo)(guo)軍隊到達湖畔時，發現和卓早已逃(tao)入巴達克山(shan)的錫(xi)克南(nan)，“于是(shi)(shi)便在(zai)(zai)一塊巖石上刻(ke)了些字(zi)，然(ran)后返(fan)回喀什(shen)噶爾(er)去了，根本未發生過戰斗。”這(zhe)種(zhong)觀點(dian)無(wu)法解釋齊凌扎布將(jiang)此(ci)戰的俘(fu)虜帶到英吉(ji)沙爾(er)后進行安置的奏折(zhe)，而且(qie)忽(hu)略了在(zai)(zai)伊西(xi)(xi)洱庫爾(er)淖爾(er)的紀(ji)功碑是(shi)(shi)乾隆皇帝后來派人樹立的事實(shi)。
大小和卓被俘巴(ba)達克(ke)山(shan)是位于蔥嶺西部(bu)的古(gu)國，在今阿富汗(han)東(dong)北部(bu)。由伊西洱(er)庫爾淖爾向西南行，渡噴赤河，即至巴(ba)達克(ke)山(shan)界。富德一面領(ling)兵(bing)(bing)追擊，一面曉諭當(dang)地(di)部(bu)落擒拿大(da)小和(he)卓。七(qi)月十二日(ri)黃昏(hun)，依附于霍集占(zhan)的(de)蒙(meng)古厄魯特頭(tou)目沙喇斯、瑪呼斯率(lv)六百余(yu)人(ren)北(bei)逃，被清軍副都統伊柱截(jie)住。富德領(ling)兵(bing)(bing)進(jin)擊，剿二百余(yu)人(ren)，宰桑雅(ya)滿、得(de)木(mu)齊（百戶長）丹巴(ba)投(tou)降(jiang)。清軍繳獲(huo)駝(tuo)炮(pao)八(ba)門(men)及去年(nian)失去的(de)“威(wei)遠大(da)將軍”火炮(pao)二門(men)。七(qi)月十八(ba)日(ri)，富德派(pai)侍衛薩穆坦（厄魯特蒙(meng)古人(ren)）、伯克(ke)素勒(le)坦和(he)卓（維吾爾(er)人(ren)）自巴(ba)沙楚(chu)爾(er)啟程，曉諭巴(ba)達(da)克(ke)山汗素勒(le)坦沙（實為蘇丹），令其(qi)擒獲(huo)大(da)小和(he)卓兄弟，縛獻清軍。
大小和(he)卓(zhuo)進入巴(ba)(ba)(ba)(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山(shan)(shan)境內(nei)后，遭到袞(gun)都伯(bo)克(ke)(ke)(ke)沙(sha)(sha)莽蘇爾、錫克(ke)(ke)(ke)南（在(zai)(zai)今(jin)塔吉克(ke)(ke)(ke)斯(si)坦(tan)(tan)(tan)戈爾諾-巴(ba)(ba)(ba)(ba)達(da)(da)赫尚自治州(zhou)錫克(ke)(ke)(ke)南區）伯(bo)克(ke)(ke)(ke)沙(sha)(sha)穆爾沿途追擊(ji)，一路向(xiang)南遁去(qu)。霍(huo)(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)聲稱借道前往麥加朝拜，于七月(yue)二(er)十(shi)六(liu)日(ri)進抵巴(ba)(ba)(ba)(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山(shan)(shan)都城(cheng)牌租(zu)阿巴(ba)(ba)(ba)(ba)特（今(jin)阿富汗(han)巴(ba)(ba)(ba)(ba)達(da)(da)赫尚省首府法扎巴(ba)(ba)(ba)(ba)德）。同一天(tian)，清使薩穆坦(tan)(tan)(tan)等也來到牌租(zu)阿巴(ba)(ba)(ba)(ba)特，與(yu)素勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)會面。素勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)令霍(huo)(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)派來交(jiao)涉的鄂斯(si)滿(man)、雅斯(si)布庫里與(yu)薩穆坦(tan)(tan)(tan)相(xiang)見，薩穆坦(tan)(tan)(tan)面斥霍(huo)(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)之(zhi)種種罪過(guo)，鄂斯(si)滿(man)不能(neng)辯駁(bo)。七月(yue)二(er)十(shi)八日(ri)，素勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)邀(yao)大小和(he)卓(zhuo)入城(cheng)。波羅(luo)尼都隨即入城(cheng)，霍(huo)(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)則領(ling)兵在(zai)(zai)城(cheng)外(wai)揚言：若將清使交(jiao)出(chu)，則愿為巴(ba)(ba)(ba)(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山(shan)(shan)奴(nu)仆。素勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)不允，霍(huo)(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)遂劫掠村莊。素勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)出(chu)兵數千將霍(huo)(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)圍(wei)于阿爾渾楚(chu)哈嶺，霍(huo)(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)敗退至齊那爾河，身負重傷被俘。
素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)將波(bo)(bo)羅尼都、霍(huo)集(ji)占兄弟囚(qiu)禁于(yu)柴扎布，分(fen)別(bie)拘于(yu)二室，并派人通告(gao)富(fu)德(de)(de)。富(fu)德(de)(de)責令素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)獻俘。巴(ba)達(da)(da)(da)克山(shan)(shan)(shan)的(de)阿(a)(a)訇(hong)(hong)以(yi)大(da)小(xiao)和卓(zhuo)為伊(yi)(yi)斯蘭教先知后裔(yi)，若縛獻清軍，恐鄰國不服，請求清軍寬免。然(ran)而(er)素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)既想得到(dao)(dao)清軍庇(bi)護，以(yi)入侵博洛(luo)爾(er)、奇特拉爾(er)等鄰近部落(luo)，又擔心殺死(si)和卓(zhuo)導致眾阿(a)(a)訇(hong)(hong)和鄰國的(de)敵視，因(yin)此猶豫不決。薩穆坦(tan)離開(kai)后二日，素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)又遣(qian)人告(gao)知霍(huo)集(ji)占重傷已(yi)死(si)。富(fu)德(de)(de)令素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)“務將波(bo)(bo)羅尼都俘獻；霍(huo)集(ji)占雖死(si)，亦必獻尸(shi)”。乾隆皇帝諭示富(fu)德(de)(de)，必須得到(dao)(dao)和卓(zhuo)兄弟二人，“倘二賊被獲情事(shi)不實，……即將拔達(da)(da)(da)克山(shan)(shan)(shan)部落(luo)一并辦理，亦無不可(ke)”。八(ba)月二十(shi)五(wu)日，富(fu)德(de)(de)召見巴(ba)達(da)(da)(da)克山(shan)(shan)(shan)使者鄂穆爾(er)拜(bai)。鄂穆爾(er)拜(bai)聲稱素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)本欲將和卓(zhuo)兄弟呈獻，但受(shou)到(dao)(dao)當地(di)阿(a)(a)訇(hong)(hong)阻(zu)撓。且聞(wen)阿(a)(a)訇(hong)(hong)打(da)算將和卓(zhuo)所住房屋焚毀后前(qian)往麥加(jia)，向回教各(ge)國控訴素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)之罪，素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)被迫中止。次(ci)日，富(fu)德(de)(de)派薩穆坦(tan)隨(sui)同鄂穆爾(er)拜(bai)返回，限素(su)(su)(su)(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)(sha)于(yu)二十(shi)五(wu)天內交出大(da)小(xiao)和卓(zhuo)；同時令侍衛額爾(er)登額、伍岱領(ling)兵跟隨(sui)；又派伊(yi)(yi)柱、巴(ba)圖濟爾(er)噶爾(er)、霍(huo)集(ji)斯進兵至(zhi)瓦罕（在今阿(a)(a)富(fu)汗巴(ba)達(da)(da)(da)赫尚省(sheng)東(dong)部），施(shi)以(yi)兵威。九月三日，富(fu)德(de)(de)派人前(qian)往招撫(fu)巴(ba)達(da)(da)(da)克山(shan)(shan)(shan)南(nan)邊(bian)的(de)博洛(luo)爾(er)部落(luo)（在今克什米爾(er)巴(ba)基斯坦(tan)控制區北部）。博洛(luo)爾(er)因(yin)與(yu)巴(ba)達(da)(da)(da)克山(shan)(shan)(shan)不睦，其首(shou)領(ling)沙(sha)(sha)(sha)和碩默特隨(sui)即稱臣歸附。
九月九日，素(su)勒(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)與額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)會面，稱(cheng)鄰近的(de)(de)琿都斯(si)部落(luo)（今阿富汗昆都士）欲(yu)來索(suo)取大小(xiao)(xiao)(xiao)和卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)，且得知霍(huo)(huo)集占曾暗通巴(ba)達(da)克山(shan)的(de)(de)敵國塔爾(er)巴(ba)斯(si)，現將(jiang)大小(xiao)(xiao)(xiao)和卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)先行殺(sha)(sha)死，以絕后患。額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)斥責素(su)勒(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)擅(shan)殺(sha)(sha)和卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)兄弟(di)，令其(qi)(qi)(qi)將(jiang)首(shou)(shou)級獻出。素(su)勒(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)仍(reng)以教義經典為由(you)，稱(cheng)“但(dan)(dan)自行獻出，恐眾人(ren)(ren)(ren)不(bu)(bu)(bu)服”，請(qing)求派人(ren)(ren)(ren)查驗(yan)尸(shi)首(shou)(shou)。額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)派熟識大小(xiao)(xiao)(xiao)和卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)的(de)(de)納達(da)齊前(qian)往驗(yan)看。納達(da)齊確(que)認(ren)“霍(huo)(huo)集占之尸(shi)屬實(shi)”，然而“其(qi)(qi)(qi)瘞埋(mai)波羅(luo)尼(ni)都之地與霍(huo)(huo)集占中隔一(yi)墻，但(dan)(dan)有血跡，并(bing)無(wu)尸(shi)骸。”額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)又(you)令素(su)勒(le)(le)坦(tan)和卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)密雜帕爾(er)詳驗(yan)，亦稱(cheng)確(que)實(shi)。因詢問波羅(luo)尼(ni)都尸(shi)首(shou)(shou)所在(zai)。素(su)勒(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)又(you)稱(cheng)，波羅(luo)尼(ni)都生前(qian)曾囑咐其(qi)(qi)(qi)仆從，死后不(bu)(bu)(bu)可(ke)與霍(huo)(huo)集占同葬(zang)一(yi)處；其(qi)(qi)(qi)奴仆有十(shi)余人(ren)(ren)(ren)逃(tao)出，其(qi)(qi)(qi)中可(ke)能(neng)有人(ren)(ren)(ren)將(jiang)尸(shi)首(shou)(shou)盜去。九月十(shi)三日，素(su)勒(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)遣親信去囚禁之處，審訊(xun)看守人(ren)(ren)(ren)們多索(suo)丕(pi)等。十(shi)九日，素(su)勒(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)來告額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)，稱(cheng)實(shi)不(bu)(bu)(bu)知何人(ren)(ren)(ren)將(jiang)尸(shi)首(shou)(shou)盜去，并(bing)舉伊斯(si)蘭教經文發誓不(bu)(bu)(bu)曾欺騙(pian)清軍(jun)。額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)派人(ren)(ren)(ren)密訪，也報稱(cheng)和卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)被(bei)殺(sha)(sha)是實(shi)。二十(shi)一(yi)日，額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)傳(chuan)訊(xun)們多索(suo)丕(pi)及撫養、跟隨(sui)大小(xiao)(xiao)(xiao)和卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)的(de)(de)呢(ni)雅(ya)斯(si)索(suo)丕(pi)、維(wei)吾爾(er)婦女濟爾(er)噶勒(le)(le)等人(ren)(ren)(ren)，確(que)認(ren)波羅(luo)尼(ni)都、霍(huo)(huo)集占被(bei)殺(sha)(sha)之事經過。幾年后，清廷查出波羅(luo)尼(ni)都尸(shi)首(shou)(shou)系由(you)其(qi)(qi)(qi)仆人(ren)(ren)(ren)盜出，在(zai)牌(pai)租阿巴(ba)特(te)就地埋(mai)葬(zang)。
九月三十日，巴達克(ke)(ke)(ke)(ke)山使者(zhe)、證人隨額爾(er)登額回到富德兵營，進(jin)獻霍集(ji)占(zhan)首級，經霍集(ji)斯、毛拉(la)郭波和卓及布魯(lu)特伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)辨識后(hou)確認(ren)無疑。富德責(ze)問巴達克(ke)(ke)(ke)(ke)山來(lai)使端伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)，為(wei)何(he)先前報稱(cheng)(cheng)霍集(ji)占(zhan)已死(si)，后(hou)又云(yun)兄(xiong)弟二人同(tong)時(shi)被殺(sha)。端伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)辯稱(cheng)(cheng)：“前此(ci)拘禁時(shi)，傳聞霍集(ji)占(zhan)傷(shang)重身死(si)，及遣(qian)人往驗尚存。薩(sa)穆坦(tan)行后(hou)，琿都(dou)斯即領眾五千，勒(le)取二人。因決計殺(sha)死(si)，以絕其(qi)望。”富德又令鄂對(dui)、布魯(lu)特阿(a)奇木之親屬“密行訪問”，最終確認(ren)所言屬實。富德隨即遣(qian)額爾(er)登額將(jiang)霍集(ji)占(zhan)首級函(han)送京師，帶證人、巴達克(ke)(ke)(ke)(ke)山使者(zhe)、博洛爾(er)使者(zhe)一同(tong)前往。
十月初二日，富德率官兵啟程返回葉爾羌，酌留新派兵丁鎮守各處。乾隆二十四年(nian)十月(yue)二十三日(ri)庚子（1759年(nian)12月(yue)12日(ri)），乾隆(long)皇(huang)(huang)帝以平(ping)定(ding)回部宣諭(yu)中外(wai)。下(xia)諭(yu)賞(shang)(shang)兆(zhao)惠宗室公品級鞍轡(pei)；富德晉(jin)封(feng)(feng)侯爵，賞(shang)(shang)戴雙(shuang)眼翎；明瑞、阿里袞賞(shang)(shang)戴雙(shuang)眼翎；額敏和(he)卓晉(jin)封(feng)(feng)郡(jun)王；賞(shang)(shang)給玉(yu)素富郡(jun)王品級；舒赫(he)德及在(zai)事大臣官員(yuan)均交吏(li)部從優(you)議敘。歷次(ci)戰斗(dou)中有功官兵各封(feng)(feng)賞(shang)(shang)有差，陣亡(wang)者(zhe)加以優(you)恤。西(xi)征在(zai)外(wai)兵丁均賞(shang)(shang)兩月(yue)錢糧(liang)，駐葉爾(er)羌等(deng)城兵丁賞(shang)(shang)一(yi)月(yue)錢糧(liang)。同時下(xia)令籌備(bei)西(xi)征將士(shi)返京凱旋及大閱八旗官兵事宜(yi)。十一(yi)月(yue)，乾隆(long)皇(huang)(huang)帝下(xia)令于葉爾(er)羌城內、伊西(xi)洱庫爾(er)淖爾(er)湖畔立碑，勒石紀錄平(ping)定(ding)回部之功，并撰寫(xie)碑文。
乾(qian)隆(long)二十(shi)(shi)五(wu)年(nian)(nian)(nian)（1760年(nian)(nian)(nian)）正(zheng)月(yue)末(mo)，浩罕、巴達克山、博洛爾使臣(chen)至京(jing)。正(zheng)月(yue)二十(shi)(shi)七(qi)日（1760年(nian)(nian)(nian)2月(yue)27日），乾(qian)隆(long)皇(huang)(huang)帝升御座于午門，行受俘(fu)禮，額(e)爾登額(e)等(deng)官兵將(jiang)霍集占首級(ji)進獻闕下。二月(yue)二十(shi)(shi)七(qi)日（1760年(nian)(nian)(nian)4月(yue)12日），兆惠、富(fu)德、明瑞(rui)、巴祿等(deng)將(jiang)士抵(di)京(jing)。乾(qian)隆(long)皇(huang)(huang)帝駐(zhu)蹕良(liang)鄉(xiang)縣（縣治在今北京(jing)市房山區良(liang)鄉(xiang)鎮）黃新莊，郊勞(lao)西(xi)征諸將(jiang)士，筑壇告(gao)天，并設(she)宴款待將(jiang)軍大臣(chen)與回部(bu)王(wang)公、伯克。三(san)月(yue)三(san)日（1760年(nian)(nian)(nian)4月(yue)18日），乾(qian)隆(long)皇(huang)(huang)帝在豐澤園（今中(zhong)南海內(nei)）宴請兆惠、富(fu)德、明瑞(rui)、巴祿與回部(bu)王(wang)公伯克、文武大臣(chen)，賞賜出征將(jiang)士帑銀(yin)、緞匹。
霍集(ji)占(zhan)妻(qi)妾(qie)雖多，但無子嗣。逃入巴達克山的(de)霍集(ji)占(zhan)親(qin)信阿卜都海里(li)、鄂斯(si)(si)滿二(er)人，被素(su)勒(le)坦沙(sha)拘禁。乾(qian)隆(long)皇(huang)帝(di)寬宥其(qi)罪，令素(su)勒(le)坦沙(sha)嚴行約束，逃逸(yi)的(de)厄魯特頭目(mu)沙(sha)喇斯(si)(si)、瑪呼斯(si)(si)二(er)人不久被其(qi)部下所殺。后世有(you)(you)民間傳說認(ren)為，霍集(ji)占(zhan)有(you)(you)一妻(qi)（妾(qie)）被俘后成為乾(qian)隆(long)皇(huang)帝(di)的(de)嬪(pin)妃，被稱為香妃。
波(bo)羅(luo)(luo)尼都死后，被仆人(ren)秘(mi)密(mi)葬(zang)(zang)(zang)于牌租阿巴特；其(qi)妻妾(qie)、子(zi)女也留(liu)在巴達克山(shan)。乾(qian)隆二(er)十六年(nian)（1761年(nian)），清廷得知波(bo)羅(luo)(luo)尼都妻、子(zi)下落；及波(bo)羅(luo)(luo)尼都埋葬(zang)(zang)(zang)地點(dian)，遂遣人(ren)向巴達克山(shan)索取。乾(qian)隆二(er)十七年(nian)十二(er)月二(er)十三(san)日（1763年(nian)2月5日），素勒坦沙派人(ren)同清使薩里來到埋葬(zang)(zang)(zang)處將波(bo)羅(luo)(luo)尼都尸(shi)骸(hai)取出(chu)；并將波(bo)羅(luo)(luo)尼都之(zhi)妻妾(qie)、子(zi)嗣(si)六人(ren)交(jiao)予清使，其(qi)分別是：
珠(zhu)賚哈（維吾爾人），有子阿斯瑪。
巴特(te)瑪（厄魯特(te)蒙(meng)古人），有子阿(a)卜都哈里克。
額爾(er)(er)克揚（柯爾(er)(er)克孜人(ren)），有子巴哈敦。
照管波(bo)羅(luo)(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)妻、子(zi)的毛拉巴(ba)(ba)喇特、密諾羅(luo)(luo)(luo)(luo)斯等九人(ren)也愿(yuan)同(tong)薩(sa)里(li)返回內地。乾(qian)隆二十(shi)八(ba)年（1763年）正月，波(bo)羅(luo)(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)家眷被(bei)帶到葉爾(er)羌(qiang)。葉爾(er)羌(qiang)辦事都(dou)(dou)統新柱(zhu)詰問巴(ba)(ba)達(da)克山使臣密爾(er)咱(zan)阿達(da)里(li)卜，素勒坦沙先(xian)前(qian)聲(sheng)稱波(bo)羅(luo)(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)尸(shi)被(bei)其(qi)仆從(cong)伊里(li)雅(ya)斯盜往(wang)琿(hun)都(dou)(dou)斯塔爾(er)罕(han)部落，今為何(he)又從(cong)維薩(sa)巴(ba)(ba)特掘(jue)出？密爾(er)咱(zan)阿達(da)里(li)卜稱：先(xian)前(qian)并不知(zhi)尸(shi)首(shou)被(bei)盜原委。后(hou)來波(bo)羅(luo)(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)幼女亡故，仆人(ren)夜間前(qian)往(wang)其(qi)父墓地埋葬時(shi)，曾追隨波(bo)羅(luo)(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)舊人(ren)都(dou)(dou)前(qian)往(wang)祭奠(dian)，被(bei)巴(ba)(ba)達(da)克山人(ren)目擊。二月，新柱(zhu)將波(bo)羅(luo)(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)尸(shi)骸匣(xia)封，與(yu)其(qi)妻、子(zi)、部屬一同(tong)送往(wang)北京。阿卜都(dou)(dou)哈里(li)克后(hou)來被(bei)編入正白旗蒙古，子(zi)孫世居(ju)內地。乾(qian)隆皇帝還(huan)令人(ren)保護(hu)大小和卓(zhuo)祖先(xian)阿帕克和卓(zhuo)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)墓，“毋得樵采污(wu)穢，以昭國(guo)家矜(jin)恤之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)仁。”
波羅尼(ni)都另(ling)有一子薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)，為其妾愛(ai)什(shen)阿哈(ha)察(cha)所生(sheng)。后來波羅尼(ni)都與愛(ai)什(shen)阿哈(ha)察(cha)離異(yi)，薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)遂由乳母撫(fu)養。乾(qian)隆皇帝令(ling)將薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)“送來京師(shi)，加恩養育(yu)”。后來舒赫德發現所獲(huo)之(zhi)(zhi)薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)并(bing)非波羅尼(ni)都之(zhi)(zhi)子，而(er)是同名之(zhi)(zhi)人。后據素勒坦(tan)沙奏報，薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)逃到(dao)(dao)了愛(ai)烏(wu)罕東北之(zhi)(zhi)琿都斯(si)(si)（今阿富汗昆都士）。二十多(duo)年后，清廷又得知薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)居住在(zai)布哈(ha)爾(er)之(zhi)(zhi)撒馬爾(er)罕，過著貧苦生(sheng)活。喀什(shen)噶(ga)爾(er)伯克(ke)(ke)鄂斯(si)(si)滿寫信招薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)回國，但(dan)未(wei)成(cheng)功(gong)。薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)又前往忽氈（今塔吉克(ke)(ke)斯(si)(si)坦(tan)苦盞(zhan)）等地居住，并(bing)受到(dao)(dao)浩罕伯克(ke)(ke)那(nei)爾(er)巴(ba)圖的管制，最后在(zai)布哈(ha)爾(er)（今烏(wu)茲別克(ke)(ke)斯(si)(si)坦(tan)布哈(ha)拉）死去。
薩木薩克(ke)(ke)有三子：和(he)(he)卓玉(yu)素普、張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)、巴(ba)布(bu)頂。巴(ba)布(bu)頂早亡，玉(yu)素普、張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)后(hou)來都成為浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)入侵(qin)新(xin)(xin)疆(jiang)的(de)(de)(de)工(gong)具。由(you)于與(yu)新(xin)(xin)疆(jiang)的(de)(de)(de)貿易是浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)的(de)(de)(de)經濟命脈，浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)伯克(ke)(ke)表(biao)面上對清朝皇帝(di)表(biao)示恭(gong)順，暗中利用和(he)(he)卓后(hou)裔向清廷和(he)(he)新(xin)(xin)疆(jiang)官員施壓，謀取在(zai)新(xin)(xin)疆(jiang)南部的(de)(de)(de)特權，必要時直接派兵幫助和(he)(he)卓后(hou)裔作(zuo)亂(luan)。和(he)(he)卓后(hou)裔也依附浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)壯(zhuang)大自己的(de)(de)(de)聲勢，張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)就許諾將喀什(shen)噶爾(er)(er)城贈予浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)。到了(le)浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)伯克(ke)(ke)愛瑪爾(er)(er)在(zai)位(wei)時，“藉張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)為奇貨，暗令其滋擾邊(bian)界，復匿之境內，故使內地聞(wen)之，其情實為狡譎”。嘉(jia)慶末、道(dao)光初，張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)四(si)次(ci)潛入新(xin)(xin)疆(jiang)西(xi)部，倚仗(zhang)浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)、布(bu)魯特軍隊(dui)在(zai)喀什(shen)噶爾(er)(er)一(yi)帶作(zuo)亂(luan)。道(dao)光八年(nian)(nian)（1828年(nian)(nian)），張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)被擒，押解至北京處死。道(dao)光十(shi)年(nian)(nian)（1830年(nian)(nian)），玉(yu)素普入卡(ka)作(zuo)亂(luan)失敗(bai)。張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)之子布(bu)素魯克(ke)(ke)仍留(liu)在(zai)浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)。
張格爾(er)(er)死后(hou)，浩罕(han)(han)繼續利用白山派和(he)卓(zhuo)(zhuo)后(hou)裔入(ru)侵(qin)(qin)新疆，掠奪喀什噶(ga)爾(er)(er)、葉爾(er)(er)羌等地(di)的(de)(de)財富。如(ru)道光(guang)年間的(de)(de)七和(he)卓(zhuo)(zhuo)之(zhi)亂(luan)(luan)、咸(xian)豐年間的(de)(de)倭(wo)里罕(han)(han)之(zhi)亂(luan)(luan)。浩罕(han)(han)被(bei)俄國滅(mie)亡(wang)前夕，浩罕(han)(han)權臣阿(a)古柏攜布素魯(lu)克入(ru)侵(qin)(qin)新疆，建立(li)“哲德沙爾(er)(er)國”和(he)“洪(hong)福汗國”。光(guang)緒初，左宗棠(tang)領兵驅逐阿(a)古柏，收復(fu)新疆。布素魯(lu)克下落不明，倭(wo)里罕(han)(han)被(bei)阿(a)古柏毒殺。和(he)卓(zhuo)(zhuo)家族的(de)(de)子(zi)孫至(zhi)此退出歷史舞臺。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革維吾爾人原有的伯克制，禁止伯克世襲，確(que)定大(da)小伯克的品級、員額(e)、俸祿，并實行回(hui)避。通(tong)過有限度(du)的“改(gai)土歸流”，伯克階層(ceng)由世襲貴族轉(zhuan)變(bian)為清朝的地方官吏(li)。在軍事方面，回(hui)部各城(cheng)設(she)駐札大(da)臣，領(ling)八旗、綠(lv)營(ying)兵鎮守(shou)，各城(cheng)大(da)臣以(yi)喀什噶爾(er)參贊(zan)大(da)臣為首。乾隆二(er)十七年（1762年），置伊犁將軍統(tong)轄新疆各地，以(yi)領(ling)兵追(zhui)擊大(da)小和卓的領(ling)侍衛內大(da)臣明瑞補授。“軍府制”逐漸確(que)立。
早在霍集(ji)占起兵(bing)之時，乾隆皇帝已命兆(zhao)惠清查回部(bu)各城(cheng)戶口，調查準噶爾(er)統治時期(qi)的(de)(de)歷年貢賦(fu)(fu)。兆(zhao)惠領兵(bing)南下后，舒赫德負責(ze)辦理此事，將人口、土地、賦(fu)(fu)稅情況陸續(xu)造冊呈報。西(xi)域底定后，清廷減輕(qing)了(le)(le)準噶爾(er)、大小和(he)卓(zhuo)統治時期(qi)的(de)(de)沉重賦(fu)(fu)稅，廢(fei)止了(le)(le)名目繁多的(de)(de)勒索攤派。同時廣辟(pi)屯田、治水灌(guan)溉(gai)，頒行制錢，使(shi)新疆經(jing)濟得到恢復和(he)發(fa)展。
中(zhong)國(guo)與西亞(ya)、南(nan)亞(ya)的陸路貿易也因回部(bu)平定(ding)而(er)重新打(da)通。中(zhong)國(guo)出產的茶葉、絲綢、羊毛在葉爾(er)羌(qiang)、喀(ka)什噶(ga)爾(er)經(jing)浩(hao)罕進入波(bo)斯和俄(e)國(guo)；經(jing)拉達克進入英(ying)屬印度(du)并販(fan)往(wang)歐洲。俄(e)國(guo)的皮革、火器，英(ying)國(guo)的鴉(ya)片(pian)則經(jing)葉爾(er)羌(qiang)流入中(zhong)國(guo)。回部(bu)的平定(ding)還使自(zi)明代(dai)中(zhong)期中(zhong)斷的和闐玉石供應得以恢(hui)復(fu)。此后，和闐玉成(cheng)為清(qing)皇室壟斷的珍寶，其采集和運(yun)輸受到嚴格的監管(guan)。
平定大(da)小和卓是清(qing)朝統(tong)一中(zhong)(zhong)(zhong)國戰爭(zheng)的(de)(de)最后(hou)一役，使(shi)(shi)天山南路(lu)復(fu)入中(zhong)(zhong)(zhong)國版圖。西(xi)域底定后(hou)，清(qing)代中(zhong)(zhong)(zhong)國疆(jiang)(jiang)域的(de)(de)正西(xi)端延(yan)至帕米爾(er)(er)以西(xi)的(de)(de)噴(pen)赤河流域，版圖臻于極(ji)盛。鄰(lin)近(jin)新疆(jiang)(jiang)的(de)(de)浩罕、布哈爾(er)(er)、安集延(yan)、巴達克山、愛(ai)烏(wu)罕（阿富汗）、博(bo)洛爾(er)(er)、乾竺(zhu)特(te)（坎巨(ju)提）等部(bu)落遣使(shi)(shi)入貢，臣屬于中(zhong)(zhong)(zhong)國。自康熙時(shi)準噶(ga)爾(er)(er)東侵以來，持續(xu)七十余年的(de)(de)西(xi)北邊患(huan)暫(zan)告終結。此后(hou)至道光(guang)初的(de)(de)六十年間，新疆(jiang)(jiang)、蒙古沒有發(fa)生大(da)的(de)(de)變亂。道光(guang)以降，俄(e)羅斯、英國的(de)(de)殖民者深(shen)入費(fei)爾(er)(er)干納盆地(di)和克什米爾(er)(er)，逼近(jin)中(zhong)(zhong)(zhong)國西(xi)境(jing)，新疆(jiang)(jiang)又進(jin)入動蕩時(shi)期(qi)。
