臺(tai)灣(wan)自(zi)古(gu)以(yi)(yi)來(lai)就與大陸的關系密不(bu)可分，所以(yi)(yi)統一是(shi)必然的規律和趨勢，特別(bie)是(shi)自(zi)元(yuan)朝以(yi)(yi)來(lai)，臺(tai)灣(wan)直接歸于中央政(zheng)府管轄。天啟四年（1624年）荷蘭東印度公司部隊登(deng)陸大員，開始占領(ling)臺(tai)灣(wan)。清兵入(ru)關后(hou)，勢力逐(zhu)漸進入(ru)福建。順治(zhi)十六年（1659年）鄭成功(gong)率領(ling)十萬大軍(jun)攻打南(nan)京，慘(can)敗而(er)回。鄭軍(jun)元(yuan)氣大傷，鄭成功(gong)感到(dao)清朝統治(zhi)逐(zhu)漸穩固，而(er)鄭軍(jun)困守思明（廈門(men)）孤島糧草匱(kui)乏，難以(yi)(yi)提供數(shu)萬大軍(jun)給養，開始思考(kao)取得另外(wai)的根據地以(yi)(yi)為整補。
順治十八(ba)年（1661年）三月(yue)，鄭(zheng)成(cheng)(cheng)(cheng)功(gong)親率2.5萬名兵將(jiang)，分乘(cheng)百艘戰(zhan)船(chuan)，從(cong)金門(men)出發。他們冒(mao)著風浪，越過臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)海峽，在(zai)澎湖休整幾天準備直取臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)。荷(he)蘭(lan)(lan)(lan)侵(qin)略(lve)軍(jun)(jun)(jun)聽說鄭(zheng)成(cheng)(cheng)(cheng)功(gong)要進攻臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)，十分驚(jing)恐。他們把(ba)軍(jun)(jun)(jun)隊(dui)集(ji)中(zhong)在(zai)臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)（今(jin)臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)東平地區）、赤嵌（今(jin)臺(tai)(tai)南(nan)）兩座城(cheng)(cheng)(cheng)堡(bao)，還在(zai)港口(kou)沉(chen)破船(chuan)阻止鄭(zheng)成(cheng)(cheng)(cheng)功(gong)船(chuan)隊(dui)登(deng)岸。鄭(zheng)軍(jun)(jun)(jun)乘(cheng)海水漲潮將(jiang)船(chuan)隊(dui)駛進鹿耳門(men)內海，主(zhu)力從(cong)禾(he)寮港登(deng)陸，從(cong)側背進攻赤嵌城(cheng)(cheng)(cheng)，并切斷(duan)了(le)與(yu)(yu)臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)城(cheng)(cheng)(cheng)的(de)(de)(de)聯系。戰(zhan)斗(dou)中(zhong)，侵(qin)略(lve)軍(jun)(jun)(jun)以(yi)“赫克托”號戰(zhan)艦攻擊(ji)，鄭(zheng)成(cheng)(cheng)(cheng)功(gong)一(yi)(yi)聲令下，把(ba)敵軍(jun)(jun)(jun)緊緊圍(wei)(wei)(wei)住，60多只戰(zhan)船(chuan)一(yi)(yi)齊發炮(pao)，把(ba)“赫克托”號擊(ji)沉(chen)。與(yu)(yu)此同(tong)時，又(you)擊(ji)潰了(le)臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)城(cheng)(cheng)(cheng)的(de)(de)(de)援軍(jun)(jun)(jun)。赤嵌的(de)(de)(de)荷(he)蘭(lan)(lan)(lan)軍(jun)(jun)(jun)在(zai)水源被切斷(duan)，外援無望的(de)(de)(de)情況下，向鄭(zheng)軍(jun)(jun)(jun)投(tou)降(jiang)。盤踞臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)城(cheng)(cheng)(cheng)的(de)(de)(de)侵(qin)略(lve)軍(jun)(jun)(jun)企圖(tu)負(fu)隅頑抗，鄭(zheng)成(cheng)(cheng)(cheng)功(gong)在(zai)城(cheng)(cheng)(cheng)周圍(wei)(wei)(wei)修(xiu)筑土臺(tai)(tai)，圍(wei)(wei)(wei)困(kun)敵軍(jun)(jun)(jun)8個月(yue)后，下令向臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)城(cheng)(cheng)(cheng)發起強攻。至(zhi)此，鄭(zheng)成(cheng)(cheng)(cheng)功(gong)從(cong)荷(he)蘭(lan)(lan)(lan)侵(qin)略(lve)者(zhe)手里收復了(le)淪陷(xian)38年的(de)(de)(de)中(zhong)國領土臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)。這場戰(zhan)爭結束了(le)荷(he)蘭(lan)(lan)(lan)東印(yin)度公司在(zai)中(zhong)國臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)的(de)(de)(de)經營，開啟了(le)明鄭(zheng)政權對(dui)臺(tai)(tai)灣(wan)(wan)(wan)的(de)(de)(de)統治。
清(qing)朝入(ru)關之(zhi)初，因(yin)忙于(yu)統(tong)一戰爭，無暇顧及臺(tai)灣(wan)。自從康(kang)熙以來(lai)，清(qing)朝內地(di)(di)的(de)反(fan)(fan)抗逐漸平息，政(zheng)局趨于(yu)穩固，而在臺(tai)灣(wan)的(de)鄭(zheng)(zheng)氏則時刻想侵擾清(qing)政(zheng)權。鄭(zheng)(zheng)成功收(shou)臺(tai)的(de)次年(nian)即病逝，繼位的(de)鄭(zheng)(zheng)經(jing)利用康(kang)熙初年(nian)三藩之(zhi)亂的(de)機會(hui)，渡海(hai)西攻清(qing)朝福建、廣(guang)東(dong)沿(yan)海(hai)。康(kang)熙十(shi)三年(nian)（1674年(nian)）耿精忠響應吳三桂發(fa)起的(de)叛亂，以提供戰船給鄭(zheng)(zheng)經(jing)，換取(qu)出(chu)兵，鄭(zheng)(zheng)經(jing)應允此事(shi)。泉州、漳州、潮(chao)州陸續投靠鄭(zheng)(zheng)經(jing)。康(kang)熙十(shi)五年(nian)（1676年(nian)），廣(guang)東(dong)尚之(zhi)信再次遭鄭(zheng)(zheng)軍擊(ji)敗(bai)，只得加入(ru)三藩反(fan)(fan)清(qing)陣營(ying)，并將惠州割讓給鄭(zheng)(zheng)經(jing)。三藩之(zhi)亂后(hou)期，清(qing)軍逐漸占據優勢，鄭(zheng)(zheng)氏在閩粵(yue)沿(yan)海(hai)的(de)勢力開始被驅(qu)逐出(chu)去。一方面，鄭(zheng)(zheng)氏不斷對(dui)東(dong)南(nan)沿(yan)海(hai)的(de)侵襲影響到清(qing)朝東(dong)南(nan)賦稅之(zhi)地(di)(di)的(de)穩定，同時也不利南(nan)方民心的(de)穩定；另(ling)一方面，臺(tai)灣(wan)的(de)鄭(zheng)(zheng)氏也被認為是(shi)明(ming)朝正(zheng)統(tong)，成為反(fan)(fan)清(qing)復明(ming)的(de)最后(hou)基地(di)(di)。臺(tai)灣(wan)繼續孤懸海(hai)外，不利多民族封建專制(zhi)主義中央集權國家的(de)鞏固和統(tong)一。因(yin)此，清(qing)朝收(shou)取(qu)臺(tai)灣(wan)勢在必行。
早在(zai)康(kang)熙初(chu)年(nian)(nian)，清朝(chao)就與(yu)(yu)臺(tai)(tai)灣鄭(zheng)氏當局有了(le)交流。在(zai)康(kang)熙元年(nian)(nian)（1662年(nian)(nian)）鄭(zheng)成(cheng)功病逝后不久(jiu)，清廷(ting)(ting)即派人前往廈(sha)門招(zhao)(zhao)撫(fu)鄭(zheng)經(jing)(jing)。其(qi)時，鄭(zheng)經(jing)(jing)與(yu)(yu)其(qi)叔父鄭(zheng)世(shi)襲火(huo)并正烈，鄭(zheng)經(jing)(jing)害(hai)怕清廷(ting)(ting)“指日加兵，內外受困”，因(yin)(yin)此(ci)，陽奉陰(yin)違，虛(xu)與(yu)(yu)應(ying)(ying)付，以(yi)“茍延歲月”。第二(er)年(nian)(nian)，鄭(zheng)經(jing)(jing)得勢(shi)，則提出(chu)“請如琉球、朝(chao)鮮(xian)例，不登岸，不剔(ti)發易(yi)衣(yi)冠”。清廷(ting)(ting)當然不會(hui)答應(ying)(ying)，雙(shuang)方(fang)仍(reng)成(cheng)對峙局面。當年(nian)(nian)十月，清軍分三路攻廈(sha)門等地，清軍擊(ji)敗鄭(zheng)軍，攻占(zhan)了(le)廈(sha)門。鄭(zheng)經(jing)(jing)退守銅山。后鄭(zheng)軍軍官(guan)眼(yan)看大(da)(da)勢(shi)已(yi)去，紛(fen)(fen)紛(fen)(fen)率(lv)兵降清，致使(shi)鄭(zheng)軍在(zai)大(da)(da)陸沿海據點(dian)紛(fen)(fen)紛(fen)(fen)失(shi)守。康(kang)熙三年(nian)(nian)（1664年(nian)(nian)）清廷(ting)(ting)授福(fu)建提督水師(shi)總兵官(guan)施(shi)(shi)(shi)瑯(lang)(lang)為靖海將軍，令其(qi)統帥水師(shi)，前往征(zheng)剿鄭(zheng)經(jing)(jing)。施(shi)(shi)(shi)瑯(lang)(lang)率(lv)水師(shi)先(xian)后三次(ci)渡海，均因(yin)(yin)臺(tai)(tai)風(feng)襲擊(ji)而(er)未(wei)(wei)成(cheng)功。康(kang)熙六年(nian)(nian)（1667年(nian)(nian)），清廷(ting)(ting)又派福(fu)建招(zhao)(zhao)撫(fu)總兵官(guan)孔(kong)元章先(xian)后兩次(ci)渡海招(zhao)(zhao)撫(fu)鄭(zheng)經(jing)(jing)，但鄭(zheng)經(jing)(jing)仍(reng)頑固地堅持所(suo)謂(wei)“朝(chao)鮮(xian)例”，招(zhao)(zhao)撫(fu)未(wei)(wei)成(cheng)。康(kang)熙七年(nian)(nian)（1668年(nian)(nian)）初(chu)令施(shi)(shi)(shi)瑯(lang)(lang)來京師(shi)，商討進兵臺(tai)(tai)灣的(de)(de)大(da)(da)計。施(shi)(shi)(shi)瑯(lang)(lang)到京師(shi)后，詳陳武力統一(yi)臺(tai)(tai)灣的(de)(de)意(yi)(yi)見(jian)，但因(yin)(yin)當時天(tian)下初(chu)定，沿海地區(qu)人心未(wei)(wei)穩，施(shi)(shi)(shi)瑯(lang)(lang)的(de)(de)意(yi)(yi)見(jian)未(wei)(wei)被(bei)采納(na)。不過(guo)，康(kang)熙帝(di)意(yi)(yi)識到武力統一(yi)臺(tai)(tai)灣只是(shi)時間問題，因(yin)(yin)此(ci)盡管未(wei)(wei)采納(na)施(shi)(shi)(shi)瑯(lang)(lang)的(de)(de)意(yi)(yi)見(jian)，但命他為內大(da)(da)臣，留在(zai)京師(shi)，以(yi)備應(ying)(ying)急之用。
三藩之亂(luan)結束后，清(qing)朝的統治(zhi)更加(jia)穩固，收復(fu)臺(tai)(tai)灣事宜就被(bei)提(ti)上(shang)了(le)日程。康熙(xi)(xi)帝玄(xuan)燁對(dui)(dui)收取臺(tai)(tai)灣的事務十(shi)分(fen)熱心，康熙(xi)(xi)十(shi)六年（1677年），康熙(xi)(xi)帝恢(hui)復(fu)福(fu)建水(shui)(shui)(shui)師體制；康熙(xi)(xi)十(shi)八(ba)年（1679年），康熙(xi)(xi)帝任命湖南岳州水(shui)(shui)(shui)師總兵官(guan)萬正(zheng)色為福(fu)建水(shui)(shui)(shui)師提(ti)督(du)。至是(shi)年年底，福(fu)建水(shui)(shui)(shui)師有戰(zhan)船(chuan)240艘，官(guan)兵28580名。康熙(xi)(xi)十(shi)九年（1680年），鄭經和清(qing)朝的戰(zhan)爭(zheng)失利，放棄廈(sha)門、金門，退(tui)往臺(tai)(tai)灣。福(fu)建總督(du)姚啟圣打算趁勢進攻臺(tai)(tai)灣，但遭(zao)福(fu)建水(shui)(shui)(shui)師提(ti)督(du)萬正(zheng)色反對(dui)(dui)，加(jia)上(shang)一些大臣(chen)支(zhi)持萬正(zheng)色的看(kan)法，康熙(xi)(xi)帝也顧慮在西南的吳世(shi)璠(fan)未解決(jue)，決(jue)定暫緩進攻。
康熙二(er)十年(nian)（1681年(nian)），鄭(zheng)經中風而死，鄭(zheng)氏臺(tai)灣內(nei)部發生政變，年(nian)僅12歲(sui)的鄭(zheng)克塽(shuang)繼任延平王，大權實際上(shang)為(wei)馮錫范、劉(liu)國(guo)軒(xuan)掌握，鄭(zheng)氏官員(yuan)向(xiang)心力開始動搖(yao)，負責與(yu)清朝談和的傅(fu)為(wei)霖甚(shen)至愿當(dang)內(nei)應。姚啟圣(sheng)(sheng)認為(wei)是進攻臺(tai)灣的好時機(ji)，但萬正色(se)仍反(fan)對出兵。姚啟圣(sheng)(sheng)知道施(shi)瑯仇視鄭(zheng)氏王朝，必能幫助他擊敗鄭(zheng)軍(jun)，便向(xiang)康熙帝推薦施(shi)瑯。康熙帝也不(bu)滿(man)萬正色(se)反(fan)戰的態度，便同意施(shi)瑯擔(dan)任水師(shi)(shi)提督(du)，萬正色(se)調任陸師(shi)(shi)提督(du)。
按照康(kang)熙(xi)帝(di)規劃，應由姚(yao)啟(qi)圣(sheng)、萬正色(se)、巡撫吳興(xing)祚(zuo)一起商討作戰，施(shi)瑯卻打(da)算排(pai)除姚(yao)啟(qi)圣(sheng)等(deng)人的節制，以便能全權進攻(gong)臺灣，不過康(kang)熙(xi)帝(di)只同意吳興(xing)祚(zuo)負責后(hou)勤(qin)，仍然命令姚(yao)啟(qi)圣(sheng)和施(shi)瑯共同出(chu)兵(bing)。
康(kang)熙二(er)十一年五月(yue)(yue)初五（1682年6月(yue)(yue)10日），清軍(jun)抵達銅山(shan)島，姚(yao)啟(qi)圣和施瑯(lang)(lang)(lang)卻在爭執出兵時(shi)機，姚(yao)啟(qi)圣主張利用冬天的北(bei)風(feng)，施瑯(lang)(lang)(lang)主張利用夏天的南風(feng)，導致清軍(jun)無法(fa)順利出兵。最后康(kang)熙帝于十月(yue)(yue)初六（11月(yue)(yue)15日）裁定施瑯(lang)(lang)(lang)負責前線作戰，姚(yao)啟(qi)圣改任(ren)后勤作業，才讓施瑯(lang)(lang)(lang)如愿取(qu)得(de)統帥權(quan)。十一月(yue)(yue)初三（12月(yue)(yue)1日）施瑯(lang)(lang)(lang)率(lv)領約21000人，軍(jun)艦238艘前往興化平海衛訓練軍(jun)隊。
姚啟(qi)圣軍權旁落后，為避免(mian)施瑯(lang)獨(du)得戰功，轉而和鄭氏王朝談(tan)(tan)判。但是(shi)施瑯(lang)主戰意志堅(jian)決，且負(fu)責談(tan)(tan)判的劉國(guo)軒不接受剃(ti)發(fa)易服(fu)，談(tan)(tan)判因此(ci)破裂。康(kang)熙(xi)二(er)十二(er)年(nian)(nian)五(wu)月廿三日(ri)（1683年(nian)(nian)6月17日(ri)）康(kang)熙(xi)帝下令施瑯(lang)盡速進(jin)攻，因此(ci)爆發(fa)六(liu)月（陽歷7月）的澎(peng)湖海戰。
康熙十(shi)八年(nian)（1679年(nian)）起，清(qing)朝實施遷界令，嚴重(zhong)打擊鄭氏王(wang)朝的(de)貿易，糧(liang)食補給也出現(xian)問題，鄭經下令每戶人家(jia)每個月(yue)必須(xu)多(duo)繳一斗(dou)米，將領也必須(xu)用(yong)自己(ji)的(de)俸(feng)祿(lu)充軍(jun)，仍沒辦法解除危機(ji)。當時英國商(shang)館就如此看待鄭氏王(wang)朝：“臺灣王(wang)之(zhi)境況甚不(bu)安定，不(bu)易抵抗滿清(qing)人，滿清(qing)人常施恫(dong)赫(he)，國王(wang)因其財富被消耗，故每日向(xiang)人民橫征暴斂，亦不(bu)能使軍(jun)隊(dui)滿意。是以我(wo)國不(bu)惟受敵人（清(qing)軍(jun)）之(zhi)威脅，亦恐軍(jun)隊(dui)（鄭軍(jun)）因缺餉而叛變。”
康熙(xi)十九(jiu)年(nian)(nian)（1680年(nian)(nian)），鄭經(jing)退守臺灣后，澎湖成為前線要地，防守卻很薄(bo)弱(ruo)。直到十月，施(shi)瑯抵(di)達(da)(da)廈門以及傅為霖為清軍內(nei)應事情爆發，劉國軒才前往澎湖強(qiang)化(hua)守備。劉國軒抵(di)達(da)(da)澎湖后，在(zai)娘媽(ma)宮、風柜尾、四角嶼、雞(ji)籠(long)嶼筑(zhu)城(cheng)；東蒔、西(xi)蒔、內(nei)塹(qian)、外(wai)塹(qian)、西(xi)嶼頭(tou)、牛心山設(she)置(zhi)炮臺。同(tong)時在(zai)海(hai)邊(bian)建造矮墻并配置(zhi)火銃，阻止清軍登(deng)陸(lu)。
康熙二(er)十二(er)年（1683年），劉國(guo)軒(xuan)得知施瑯準(zhun)備進攻，便從臺灣本島調度鄉兵到澎湖，并將商船(chuan)(chuan)以及私人用船(chuan)(chuan)都(dou)改為軍艦（大小炮船(chuan)(chuan)、鳥船(chuan)(chuan)、趕繒(zeng)船(chuan)(chuan)、洋(yang)船(chuan)(chuan)、雙帆等(deng)各式(shi)戰船(chuan)(chuan)約200艘），準(zhun)備決戰。
康(kang)熙二十二年(nian)六(liu)月十四日（1683年(nian)7月8日），施瑯(lang)從銅山島出發，姚啟圣(sheng)也撥3000人同施瑯(lang)出征（清軍24000人，大(da)鳥船(chuan)70艘、趕(gan)(gan)繒船(chuan)103艘、雙(shuang)帆居(ju)船(chuan)65艘）。十五(wu)日（9日）鄭軍哨船(chuan)發現清軍已到(dao)花(hua)嶼、貓嶼一(yi)帶，趕(gan)(gan)緊回報劉國軒，當晚清軍在八罩島過(guo)夜。
十(shi)六日(ri)（10日(ri)）施瑯(lang)進攻娘(niang)媽宮，以(yi)速度快(kuai)的(de)(de)鳥(niao)船當作先鋒。劉國軒讓(rang)林升(sheng)、江勝指(zhi)揮水軍；邱(qiu)輝(hui)為(wei)先鋒，自己在娘(niang)媽宮港口督戰。當時(shi)受(shou)風勢阻擾，清軍不敢前進，只有以(yi)藍(lan)理為(wei)首的(de)(de)7只艦隊(dui)突入鄭軍。
施(shi)(shi)瑯再(zai)派出第二(er)波鳥(niao)船(chuan)部隊，交戰(zhan)不久(jiu)后(hou)開(kai)始漲潮(chao)，一(yi)些清(qing)軍船(chuan)只被海水沖向岸邊，鄭軍趁勢將(jiang)艦隊分成(cheng)兩翼包圍(wei)(wei)清(qing)軍。施(shi)(shi)瑯見狀趕緊突入鄭軍，想解救被圍(wei)(wei)困(kun)的(de)船(chuan)只，卻被林升率(lv)軍包圍(wei)(wei)。施(shi)(shi)瑯在交戰(zhan)中被火銃(chong)射傷右眼，不過沒有(you)失明；林升也(ye)被大炮打斷左(zuo)腿。林升負傷讓鄭軍失去(qu)指(zhi)揮，施(shi)(shi)瑯借機撤離戰(zhan)場，到西嶼附近(jin)的(de)海上休息。
施瑯在(zai)十七(qi)日（11日）返(fan)回八(ba)罩(zhao)島(dao)(dao)，八(ba)罩(zhao)島(dao)(dao)地形(xing)險(xian)惡(e)，船(chuan)只遇(yu)暴(bao)風(feng)很(hen)容(rong)易(yi)撞(zhuang)上島(dao)(dao)邊的(de)暗礁，農歷六月(yue)又是(shi)容(rong)易(yi)發生臺風(feng)的(de)時節，施瑯卻很(hen)幸運沒碰(peng)到(dao)臺風(feng)。劉國軒得知(zhi)清(qing)軍在(zai)八(ba)罩(zhao)島(dao)(dao)休(xiu)息，親自進攻卻被施瑯擊退。施瑯趁勢在(zai)十八(ba)日（12日）先派戰(zhan)船(chuan)攻取(qu)澎湖港外(wai)虎井嶼、桶盤嶼。
二十二日（16日）早七(qi)時，施(shi)瑯決定發動總(zong)攻擊，將艦隊分成三路進攻，剩下約80艘(sou)當后援部隊：
中路：共有(you)56艘船(chuan)，分成8隊，每(mei)隊有(you)7艘船(chuan)。由施瑯親自指揮，作為主力進(jin)攻娘媽(ma)宮。
右(you)路：共有50艘船，由(you)總兵陳(chen)蠎(mang)等從(cong)澎湖(hu)港口(kou)東側東蒔攻(gong)入雞籠嶼(yu)、四(si)角嶼(yu)，后會合中央(yang)部(bu)隊夾攻(gong)鄭軍。
左路：共有50艘船，由總(zong)兵董義等從澎湖港口西側內塹攻入牛心灣(wan)，讓鄭(zheng)軍誤判清軍要在此地登陸(lu)。
天(tian)亮前(qian)，開(kai)始(shi)刮起臺(tai)風(feng)(feng)。辰時(shi)（7時(shi)—9時(shi)）受臺(tai)風(feng)(feng)影(ying)響，海上吹起西北(bei)風(feng)(feng)，鄭(zheng)軍(jun)(jun)順著(zhu)風(feng)(feng)勢(shi)進攻(gong)(gong)，一時(shi)處于優勢(shi)，清(qing)(qing)將朱天(tian)貴被炮(pao)擊(ji)而死。到了中(zhong)午，臺(tai)風(feng)(feng)受到赤道鋒面(mian)帶的影(ying)響，海上開(kai)始(shi)吹南風(feng)(feng)，風(feng)(feng)向轉變成(cheng)對清(qing)(qing)軍(jun)(jun)有利。施瑯命(ming)令全軍(jun)(jun)反攻(gong)(gong)，順著(zhu)風(feng)(feng)勢(shi)發射(she)各(ge)種火(huo)器，并(bing)且(qie)以(yi)數(shu)船(chuan)圍攻(gong)(gong)鄭(zheng)軍(jun)(jun)一船(chuan)，鄭(zheng)軍(jun)(jun)全面(mian)崩潰，江勝(sheng)戰(zhan)(zhan)死、邱輝自焚(fen)。共斃傷鄭(zheng)軍(jun)(jun)12000人(ren)，俘5000余(yu)人(ren)。擊(ji)毀、繳獲(huo)戰(zhan)(zhan)船(chuan)190余(yu)艘。劉國(guo)軒眼見大勢(shi)已去，率領殘余(yu)部隊(dui)從北(bei)面(mian)吼門退往臺(tai)灣，澎(peng)湖各(ge)島鄭(zheng)軍(jun)(jun)都向施瑯投降。清(qing)(qing)軍(jun)(jun)陣亡329人(ren)，傷1800余(yu)人(ren)，船(chuan)只無一損失(shi)。
施(shi)(shi)瑯戰(zhan)勝(sheng)后，考慮臺灣水道非常險惡，進軍困難。施(shi)(shi)瑯決定暫緩進攻(gong)，采取攻(gong)心戰(zhan)術(shu)，讓鄭氏(shi)王朝從內部崩潰。施(shi)(shi)瑯在澎湖禁止殺戮(lu)，張榜安民；發(fa)布《安撫輸誠示》。派原劉(liu)國軒副將曾(ceng)蜚赴臺。派人(ren)醫治受傷戰(zhan)俘，并配(pei)給(gei)他們衣服、糧(liang)食(shi)，再將士兵送回臺灣。還拉攏鄭軍將領(ling)為(wei)內應，防守淡(dan)水的(de)何(he)佑(you)首(shou)先私通施(shi)(shi)瑯，其他將領(ling)也跟進。
鄭(zheng)軍戰敗消息(xi)傳到(dao)臺灣，人心開始不(bu)安。為了延續政權的生存，有(you)將領提出(chu)進(jin)攻(gong)菲律(lv)賓，得到(dao)馮錫范同意(yi)。卻傳出(chu)遠征軍只(zhi)想搶劫，還打算(suan)逃往海外，因此(ci)(ci)劉國軒阻止(zhi)此(ci)(ci)計劃。七月十(shi)三日（9月3日），施瑯率軍在臺灣登陸。后(hou)來在劉國軒大力主張下，鄭(zheng)克塽(shuang)于(yu)(yu)七月十(shi)五日（9月5日）向施瑯投降(jiang)，并于(yu)(yu)八月十(shi)八日（10月8日）剃發易服，鄭(zheng)氏王朝(chao)正(zheng)式滅(mie)亡。
鄭克塽投降(jiang)后(hou)，清廷為了是否(fou)把臺(tai)灣并入(ru)版圖(tu)產生爭論(lun)，不少大(da)臣認(ren)為臺(tai)灣孤(gu)懸海上，治理以及(ji)防守(shou)花費(fei)不小，主張棄守(shou)。最后(hou)施瑯以臺(tai)灣戰略地位重要，說服(fu)清廷將臺(tai)灣并入(ru)版圖(tu)。
施瑯(lang)軍(jun)隊到(dao)(dao)達(da)臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)后(hou)，鄭(zheng)(zheng)(zheng)氏無力(li)抵抗清(qing)軍(jun)，只(zhi)得投降，結束在臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)歷(li)經22年(nian)(nian)的統(tong)治，臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)也因此成為(wei)清(qing)朝的領(ling)土(tu)。康熙二十(shi)二年(nian)(nian)（1683年(nian)(nian)）六(liu)月十(shi)四日，施瑯(lang)率領(ling)戰(zhan)船300余艘，水師(shi)2萬余人，仍自銅山出洋(yang)，第二天上午，戰(zhan)船即陸續到(dao)(dao)達(da)澎湖(hu)海(hai)(hai)外。十(shi)六(liu)日曾發(fa)生小(xiao)規模海(hai)(hai)戰(zhan)，雙方各有損傷。二十(shi)二日清(qing)軍(jun)分三(san)路(lu)出擊，與鄭(zheng)(zheng)(zheng)軍(jun)決戰(zhan)，施瑯(lang)親率主力(li)擔任中路(lu)主攻(gong)。清(qing)軍(jun)利用“風(feng)利舟快，瞬息飛駛，居上風(feng)上流之勢，壓攻(gong)擠擊”，一鼓作(zuo)氣，經過七八個(ge)小(xiao)時激戰(zhan)，大敗(bai)鄭(zheng)(zheng)(zheng)軍(jun)。劉(liu)(liu)國軒率所剩(sheng)幾只(zhi)小(xiao)舟逃回臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)。澎湖(hu)為(wei)臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)門戶，一旦失守，臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)即失去了屏障。由于(yu)鄭(zheng)(zheng)(zheng)氏集團政治腐敗(bai)，所以清(qing)廷統(tong)一臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)得到(dao)(dao)臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)各族人民的支(zhi)持和(he)擁護，清(qing)軍(jun)至臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)時“百姓壺漿(jiang)相繼于(yu)路(lu)，海(hai)(hai)兵皆預制清(qing)朝旗號(hao)以迎王師(shi)”。施瑯(lang)派員到(dao)(dao)臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)勸降，聯絡劉(liu)(liu)國軒。劉(liu)(liu)國軒見大勢已去，于(yu)是派兵監視鄭(zheng)(zheng)(zheng)氏統(tong)治集團，鄭(zheng)(zheng)(zheng)克(ke)塽、馮錫范只(zhi)得上表求降。八月，清(qing)軍(jun)勝利進駐臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)。
交戰雙方的兵(bing)力(li)大體相當，鄭(zheng)軍經營(ying)澎湖多年，設(she)防據守，以(yi)逸待勞；清軍渡海作戰，遠來疲憊。鄭(zheng)軍處于有利態勢(shi)，而(er)結果卻一(yi)(yi)敗涂(tu)地，全軍覆沒(mei)。除政治腐敗，士氣(qi)不高以(yi)外，指(zhi)揮(hui)上的失著應是一(yi)(yi)個(ge)重要原因。
首先(xian)是防御(yu)部署(shu)上的錯誤。鄭軍只(zhi)注意防守八(ba)罩水道以(yi)(yi)(yi)北(bei)(bei)的北(bei)(bei)大(da)山、西嶼(yu)、北(bei)(bei)山等(deng)大(da)島，而忽視(shi)了在八(ba)罩水道以(yi)(yi)(yi)南(nan)的八(ba)罩、虎井、桶盤、花嶼(yu)、貓嶼(yu)等(deng)諸(zhu)小嶼(yu)設防，這就使南(nan)來的清軍水師得以(yi)(yi)(yi)乘(cheng)虛入據，成了清軍駐泊、休整和出擊的前進(jin)基地。
其(qi)次是消極防御，貽誤戰(zhan)機(ji)(ji)。當(dang)清軍水師經過30多小時的航行(xing)，抵近澎(peng)湖時，鄭(zheng)軍宣毅左(zuo)鎮邱(qiu)輝(hui)對(dui)劉(liu)國(guo)(guo)軒說(shuo)：“乘彼(bi)(bi)(bi)(bi)船初(chu)到，安澳未(wei)定，兵(bing)(bing)心(xin)尚搖，輝(hui)愿領煩船十只，同左(zuo)虎衛江(jiang)勝(sheng)貫陣卻之(zhi)(zhi)。”建(jian)(jian)威中鎮黃良驥也說(shuo)：“先發制人，半渡(du)而(er)擊(ji)(ji)，正合兵(bing)(bing)法。”劉(liu)國(guo)(guo)軒卻說(shuo)：“炮(pao)臺處處謹守，彼(bi)(bi)(bi)(bi)何(he)處灣泊(bo)(bo)？當(dang)此六(liu)月時候，一旦風(feng)起(qi)，則(ze)彼(bi)(bi)(bi)(bi)何(he)所容身(shen)？此乃以(yi)逸待(dai)勞，不(bu)(bu)戰(zhan)可(ke)收全功也。”遂(sui)按兵(bing)(bing)不(bu)(bu)動，使(shi)清軍水師得以(yi)順利到達澎(peng)湖，環泊(bo)(bo)花、貓二嶼。邱(qiu)輝(hui)又建(jian)(jian)議：“乘夜(ye)潮落，沖(chong)舟(zhou)宗擊(ji)(ji)之(zhi)(zhi)”，又遭拒絕。十六(liu)日，清軍出戰(zhan)不(bu)(bu)利，千帥受(shou)傷。邱(qiu)輝(hui)建(jian)(jian)議乘勝(sheng)夜(ye)襲(xi)，劉(liu)國(guo)(guo)軒仍以(yi)等待(dai)颶風(feng)使(shi)彼(bi)(bi)(bi)(bi)自(zi)覆為由未(wei)予采納(na)。邱(qiu)輝(hui)說(shuo)：“兵(bing)(bing)法有(you)云：半渡(du)可(ke)擊(ji)(ji)，立(li)營未(wei)定可(ke)擊(ji)(ji)，乘虛可(ke)擊(ji)(ji)；今敵患三者，而(er)不(bu)(bu)乘其(qi)勢，若早晚無風(feng)，合萬人為一心(xin)而(er)死戰(zhan)，將(jiang)奈何(he)？”劉(liu)國(guo)(guo)軒不(bu)(bu)聽(ting)部屬的合理建(jian)(jian)議，三次放棄(qi)殲敵的有(you)利戰(zhan)機(ji)(ji)，把取(qu)勝(sheng)的希望完全寄托在可(ke)期(qi)而(er)不(bu)(bu)可(ke)必的風(feng)暴上，結果(guo)是風(feng)未(wei)至而(er)兵(bing)(bing)已敗。
第三是冒險(xian)決(jue)戰(zhan)，全軍(jun)覆沒(mei)。戰(zhan)史上(shang)因主帥胸無(wu)全局，遷就(jiu)眼前(qian)事變，由消極防御變為冒險(xian)決(jue)戰(zhan)的事例時有(you)發生。鄭軍(jun)的作戰(zhan)方針本來是以澎(peng)湖(hu)為重(zhong)點設(she)防固守(shou)，劉國軒(xuan)本人也(ye)不(bu)愿(yuan)主動出擊，而是指望海(hai)上(shang)風暴會使清軍(jun)不(bu)戰(zhan)而敗。既然如此，就(jiu)應(ying)該充分利用防御工事，保(bao)存有(you)生力量，避免(mian)與清軍(jun)決(jue)戰(zhan)。劉國軒(xuan)見不(bu)及(ji)此，當施(shi)瑯發起總攻(gong)時，亦率全部(bu)海(hai)上(shang)兵力迎戰(zhan)，終于全軍(jun)覆沒(mei)。
在(zai)(zai)澎(peng)湖(hu)海(hai)戰(zhan)中，清軍之(zhi)所以取勝(sheng)，除戰(zhan)船裝備精良，將士(shi)作戰(zhan)勇敢(gan)之(zhi)外，也是(shi)與作戰(zhan)指揮的(de)正確分不(bu)開的(de)。清軍水師(shi)統帥施(shi)(shi)瑯“治(zhi)軍嚴整，通陣法，尤(you)善(shan)水戰(zhan)，諳海(hai)中風候”，因此在(zai)(zai)指揮上(shang)有(you)許多獨到之(zhi)處。在(zai)(zai)渡(du)海(hai)時間上(shang)，他一(yi)(yi)反在(zai)(zai)東北風季(ji)節渡(du)海(hai)的(de)傳統，選在(zai)(zai)西南風始發的(de)六月中旬。有(you)人間這是(shi)什么(me)原故，施(shi)(shi)瑯說(shuo)：“北風日(ri)夜猛，今攻澎(peng)湖(hu)，未能一(yi)(yi)戰(zhan)克，風起舟散，將何以戰(zhan)？夏(xia)至前后二十余日(ri)，風微，夜尤(you)靜，可聚泊大(da)洋，觀釁而功，不(bu)過七(qi)日(ri)，舉之(zhi)必矣。”
這(zhe)種(zhong)選(xuan)擇(ze)曾經遭到姚(yao)啟(qi)圣(sheng)等人的強烈反(fan)對，但施(shi)瑯始(shi)終不為所動。實戰(zhan)證(zheng)(zheng)明(ming)，這(zhe)一(yi)(yi)(yi)選(xuan)擇(ze)是(shi)正(zheng)確的，它保障了清(qing)軍(jun)(jun)水(shui)師在(zai)(zai)發(fa)起總(zong)攻前(qian)的安全(quan)錨泊。在(zai)(zai)渡海(hai)航路上(shang)，以(yi)往從大(da)陸到臺灣，都從金、廈出航，而施(shi)瑯又一(yi)(yi)(yi)反(fan)慣例，把(ba)出航點(dian)選(xuan)在(zai)(zai)靠南(nan)(nan)的銅(tong)山島(dao)。因為水(shui)師從銅(tong)山出航后可利用(yong)西南(nan)(nan)風(feng)，直取澎湖(hu)(hu)以(yi)南(nan)(nan)鄭(zheng)軍(jun)(jun)未(wei)設防的諸(zhu)島(dao)嶼，以(yi)作為前(qian)進基地(di)，然后向北轉入澎湖(hu)(hu)海(hai)域(yu)(yu)，這(zhe)樣便(bian)始(shi)終處于順(shun)風(feng)順(shun)流的有(you)利陣位。實戰(zhan)證(zheng)(zheng)明(ming)，這(zhe)種(zhong)選(xuan)擇(ze)是(shi)正(zheng)確的，取得了預期的效果。在(zai)(zai)戰(zhan)術上(shang)，集中(zhong)(zhong)兵(bing)力，速戰(zhan)速決。澎湖(hu)(hu)海(hai)域(yu)(yu)六月多風(feng)，深(shen)諳海(hai)情的施(shi)瑯是(shi)知道的，在(zai)(zai)初戰(zhan)小挫之后，便(bian)立即抓緊再戰(zhan)準備(bei)，并(bing)(bing)不失時機地(di)發(fa)起總(zong)攻。施(shi)瑯除分兵(bing)二(er)路，從東、西兩個(ge)方(fang)向進行佯動和箝制以(yi)外，在(zai)(zai)主(zhu)(zhu)(zhu)攻方(fang)向上(shang)集中(zhong)(zhong)了56艘主(zhu)(zhu)(zhu)力戰(zhan)船，并(bing)(bing)以(yi)五船合攻一(yi)(yi)(yi)船，逐次(ci)殲(jian)滅了鄭(zheng)軍(jun)(jun)主(zhu)(zhu)(zhu)力，而清(qing)軍(jun)(jun)水(shui)師卻無(wu)一(yi)(yi)(yi)船損(sun)失。一(yi)(yi)(yi)場大(da)規模海(hai)戰(zhan)，損(sun)傷如此(ci)懸(xuan)殊，這(zhe)在(zai)(zai)海(hai)戰(zhan)史上(shang)也(ye)屬(shu)鮮見。
清朝統(tong)一臺灣(wan)(wan)(wan)后，施瑯懇切陳辭(ci)，闡述利(li)害，得到(dao)大學(xue)士李(li)蔚、工部侍郎蘇拜、都察院(yuan)左御史(shi)趙麟(lin)等人的贊(zan)同和支持，于(yu)是康熙(xi)帝始決(jue)定堅守臺灣(wan)(wan)(wan)，在臺灣(wan)(wan)(wan)設臺灣(wan)(wan)(wan)府(fu)，下轄(xia)臺灣(wan)(wan)(wan)、諸羅、鳳山三(san)縣，隸(li)屬福(fu)建(jian)省(sheng)。臺灣(wan)(wan)(wan)、廈門合(he)派一道官管(guan)轄(xia)。并派兵(bing)8000人駐(zhu)防，設總兵(bing)一員(yuan)，副將(jiang)二(er)員(yuan)，澎湖(hu)亦派副將(jiang)一員(yuan)統(tong)兵(bing)2000人駐(zhu)防。這樣，臺灣(wan)(wan)(wan)重新(xin)統(tong)一于(yu)清王朝中(zhong)央(yang)政府(fu)的管(guan)轄(xia)。
施瑯(lang)：夫炎徼僻壤，職方不載(zai)；天(tian)威(wei)遐播，遂入版圖(tu)。推恩(en)陶俗，銷兵氣以光文治(zhi)，端有望于官斯土者。
楊(yang)文魁：從(cong)茲不特(te)各(ge)省沿邊獲享敉寧，而化(hua)外來依赤子，快(kuai)睹帡幪；土著蚩(chi)番，漸濡聲教。誠盛化(hua)無(wu)遠不屆，廓千古未有之弘(hong)模、啟千古未辟之遐陬(zou)也。
劉良(liang)璧：大業(ye)疏天派(pai)，膚功列(lie)上班(ban)。龍(long)旗開(kai)敵壘，虎竹賁(bi)仙關。浪靜(jing)平甌(ou)越(yue)，烽(feng)晴靖海蠻。朱甍輝玉(yu)鑰，碧甃燦(can)金環。謨烈(lie)青編著，賢良(liang)紫誥頒(ban)。勛名(ming)縈兩浙，世澤衍三山。頌溢(yi)鰲峰上，謳興(xing)鹿島間。東南槎萬里，長此奉(feng)王顏。
高拱(gong)干：臺(tai)以海外地，明季通商(shang)，始有漢人(ren)。迨鄭氏(shi)遁踞，舊家世族或從而東，生聚(ju)有年(nian)，而弦誦猶未廣(guang)(guang)也。越至于今，輸(shu)誠納(na)土，島民(min)得(de)睹天(tian)日；分(fen)設郡縣(xian)，招徠愈眾。十(shi)余(yu)年(nian)間(jian)，聲(sheng)教(jiao)大通，人(ren)文骎骎蔚起；即深山邃谷文身(shen)黑齒之番(fan)，皆(jie)知(zhi)向風(feng)慕學。有識之士，咸謂治(zhi)以道(dao)隆、道(dao)隨(sui)治(zhi)廣(guang)(guang)；從此(ci)海波(bo)不揚，內外如鄒魯矣。
吳昌祚(zuo)：維郡伯倡牧(mu)令，以靖地(di)寧(ning)人，厥任(ren)綦重；而臺(tai)灣(wan)獨(du)加難，孤懸海東，番(fan)黎(li)雜處，縱長幾三(san)千(qian)里，實為(wei)閩、粵、江、浙之籬垣，非果卓循(xun)，豈易理此！辛丑(chou)夏，高(gao)君(jun)天(tian)木，特(te)奉簡調而來。當其(qi)時匪變初平，大(da)師云集，糗糧蒭茭立待騰飽(bao)，君(jun)乃(nai)咄(duo)嗟辦之。捕黨孽、寬脅從，全(quan)臺(tai)底定，襄力居多。已而秋颶為(wei)災，酷逾兵燹；請蠲、議賑(zhen)，心(xin)曲殫焉(yan)。由(you)是集哀鴻、銷偑犢(du)，務簡靜(jing)以息耕，廣教化以培士。比及(ji)三(san)載，民用大(da)和；則(ze)君(jun)之大(da)有造于(yu)斯臺(tai)，而膏(gao)澤(ze)良已深矣(yi)。
夏之芳：臺(tai)灣僻(pi)處海隅，自(zi)入版(ban)圖歷今，垂五十載(zai)。舊制：郡邑守令外，以(yi)觀(guan)察(cha)使領之。康熙(xi)六(liu)十年，始以(yi)臺(tai)臣出(chu)司(si)巡視，滿、漢各一員，歲一更(geng)替；蓋重海疆也(ye)。我(wo)皇上御極(ji)以(yi)來(lai)，文德覃(tan)敷(fu)、聲教暨訖，休風(feng)雅(ya)化，已遍遐陬(zou)；猶于臨(lin)軒遣策，如意(yi)遴選，再三訓誡(jie)，俾奉(feng)命諸臣得所遵(zun)循，以(yi)為觀(guan)風(feng)訓俗之軌，則圣明洵周且至矣。
張湄：臺(tai)灣者，萬川環流、一(yi)島中(zhong)屹，與(yu)世殊絕；六十年來(lai)，沐浴圣教(jiao)，暗沕躍(yue)乎光(guang)明。海(hai)邦人士，璘璘然、紛紛然質有其(qi)文矣(yi)。
白壽彝：清朝統(tong)(tong)一(yi)(yi)臺灣(wan)，使(shi)臺灣(wan)重(zhong)新回到祖國統(tong)(tong)一(yi)(yi)的(de)(de)多(duo)民族大家(jia)庭中，這不僅對(dui)國家(jia)統(tong)(tong)一(yi)(yi)具有(you)重(zhong)要意義(yi)，對(dui)臺灣(wan)的(de)(de)經(jing)濟、文化(hua)的(de)(de)進一(yi)(yi)步(bu)發展也具有(you)重(zhong)要意義(yi)。后來事實證明(ming)，臺灣(wan)經(jing)濟、文化(hua)的(de)(de)進一(yi)(yi)步(bu)振興，正是(shi)在臺灣(wan)重(zhong)新統(tong)(tong)一(yi)(yi)于清朝中央政權管(guan)轄之后。
丁(ding)紹儀：至是臺(tai)灣蕩平，民再康(kang)矣(yi)。臺(tai)灣滅而天下無事，詔息天下兵。
依據《天(tian)妃顯圣(sheng)錄(lu)》記載(zai)：施瑯進攻澎(peng)湖(hu)時，抵(di)達八罩(zhao)島，島上缺乏淡水。清(qing)軍挖開退潮(chao)后的沙地，發(fa)現(xian)(xian)有淡水可供(gong)飲用。媽(ma)祖(zu)還告訴清(qing)軍“二十一(yi)日(ri)必得(de)澎(peng)湖(hu)，七月可得(de)臺灣。”和(he)鄭軍決戰(zhan)的日(ri)期，清(qing)軍將士還看(kan)到(dao)媽(ma)祖(zu)現(xian)(xian)身。施瑯認為(wei)是媽(ma)祖(zu)庇佑清(qing)軍戰(zhan)勝，因(yin)此于康(kang)熙二十三年（1684年），康(kang)熙帝(di)加封媽(ma)祖(zu)為(wei)護國庇民妙靈昭應仁慈天(tian)后。
